中国现行的农业税制度已实行40多年，期间未做任何根本性变革，已越来越不适应当前中国经济发展的要求。一是税收负担偏重，虽然表面上看绝对数额不高，但对低收入的农民来说，税收负担并不算小；二是税制设置不合理，与其他工商税种比较，它没有设定起征点和免征额，没有任何抵扣项目，致使一些扶贫对象也要负担农业税；三是明显存在税负不公，无论产量成本多少，都按土地面积定额征收，加重了种粮农民的负担，影响了种粮农民的积极性；四是在目前的分税制体制下，一些地方政府为了扩大税源，随意扩大税种征收范围，提高税率，或者借征收农业税“搭车”收费，严重侵害了农民利益。
逐步取消农业税，财政有这样的承受能力。从全国看，农业税的税基总量几百个亿。按此计算，如果全面取消，中央财政再对其转移支付，这样一“进”一“出”，财政会有一些支出压力。但这两年中国税收收入增长很快，2003年税收增加部分就突破3000亿元。当然，从今年开始陆续启动的新一轮税制改革，会有很多减收的因素。但只要宏观经济运行状况一直向好，一定量的财政增收是可以保证的。在这种背景下，国家有必要调整政策，让农民休养生息。
逐步取消农业税有利于农民增收减负。近年来，由于多种原因，农民收入低且增长缓慢。过重的负担，挤占了农民家庭消费，直接影响了农民的生产和生活。在农业增收难度加大的情况下，减负也是增收，逐步取消农业税，就是间接地增加农民收入。同时，取消农业税后，也将拆掉一些地方政府借农业税“搭车收费”的平台。
逐步取消农业税还有利于降低农业成本，提高中国农业的国际竞争力。中国人多地少，农产品生产成本上升的压力本来就大，农业税无形中又加大了这种压力。税收和各种负担大幅增加，造成农民种粮利润微薄甚至亏本，不少农民不愿承包土地，或者虽勉强种地但普遍减少投入，致使农业发展后劲乏力。逐步取消农业税，有利于帮助农民兄弟降低农业生产成本。这也是国家鼓励农民种粮的重要信号，对保障国家粮食安全具有战略意义。
逐步取消农业税，在给9亿农民带来实惠的同时，也给基层机构改革提出了更加迫切的要求。由于许多欠发达地区县乡财政还依赖农业税，取消农业税，最大的冲击将是基层政府，不少地方的财政收入将减少，而机构臃肿等问题将越来越显得突出。这将迫使乡镇机构加快改革，压缩编制，缩减机构和人员，转变职能，减少管理环节，节约行政成本。
取消农业税的政策显示，新一届政府对“三农”问题的破解将进入更深的层次和更广泛的领域。
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