新的《税务登记管理办法》主要增加了七项内容：
采取“分散受理、集中处理”的办理方式。针对城市中容易发生的争抢税源情况，对城市的税务登记办理方式进行了原则规定，提出有条件的城市，税务登记可以按“各区分散受理、全市集中处理”的原则办理。该项规定不仅有助于消除城市各区间的税收竞争，还将方便纳税人就近申报登记。
纳税人登记代码只有一个。新办法第一次以规章的形式确立了税务登记的编码原则，要求国、地税执行统一税务登记代码，并分别就已领取组织机构代码的纳税人、个体工商户和从事生产、经营的外籍和港澳台人员确立了具体的编码方案。
增加了临时税务登记。新办法取消了注册税务登记，将税务登记的种类统一为税务登记和临时税务登记。后者主要适用于一些具有临时性、流动性特点的纳税人，如：领取临时工商营业执照的纳税人，外出经营超过180天的纳税人，有独立的生产经营权、在财务上独立核算并定期向发包人或者出租人上交承包费或租金的承包承租人等。
缩减了要求纳税人提供税务登记证件的税务事项。新办法规定，纳税人只有在开立银行账户和领购发票时才必须提供税务登记证件，而在办理其他税务事项时只需出示税务登记证件即可。
提供了解决税务机关之间对纳税人税务登记的主管税务机关、登记地点发生争议的途径。新办法在规定国、地税原则上分别登记、属地管理的基础上，明确国、地税之间对纳税人税务登记的主管税务机关发生的争议，由其上一级机关共同协商解决。而国家税务机关内部或地方税务机关内部对纳税人登记地点发生争议的，由其上级机关指定管辖。
增加了对税务人员滥用职权或行政不作为行为的处罚。
增加了对纳税人骗取税务登记证行为的处罚。
与旧办法相比，新的《税务登记管理办法》在税务登记的对象、地点、程序、证件的管理方面作了较大修改。
税务登记对象排除了国家机关、个人和无固定生产、经营场所的流动性农村小商贩，除此以外，税务登记对象有两类：一是从事生产经营的纳税人，包括：企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户以及从事生产经营的事业单位；二是其他发生纳税义务的各类组织和单位。
关于纳税人的税务登记地点，旧办法规定是纳税人所在地，新《税务登记管理办法》进一步重申明确为：生产、经营地或纳税义务发生地，将“注册地”排除在外。过去，纳税人往往选择非实际生产、经营地但有区域性税收优惠的地区申请注册，骗取税收优惠。新办法的实施，将有效地杜绝此类问题的产生。
新《税务登记管理办法》将登记程序由原来的“先检查后登记”改为“先登记后检查”，只要纳税人在规定的时间内提交的证件和资料齐全、且税务登记表的填写内容符合规定，税务机关都应及时发放税务登记证件，然后再调查核实纳税人的税务登记内容。
国、地税两家对同一纳税人办理同一份税务登记，是纳税人的现实期望。新办法对联合办证作出规定，明确规定在有条件的省、市，国、地税可以联合登记，对同一纳税人核发同一份加盖国、地税双方印章的税务登记证。
新《税务登记管理办法》修改了旧办法中关于非正常户的认定内容。一是明确了认定非正常户的条件：未按期申报；税务机关责令其限期改正后，逾期不改；税务机关派员实地检查，查无下落并且无法强制其履行纳税义务。二是取消了旧办法关于“无正当理由连续3个月未向税务机关进行纳税申报”的时限要求，事实上是将纳税人未按期申报的次数由连续三次改为一次。三是进一步明确了税务人员在非正常户认定中的责任，规定检查人员必须制作非正常户认定书。另外，新的《税务登记管理办法》规定，非正常户登记证件失效的时限由纳税人被列为非正常户超过1年改为3个月。
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