我国排污收费制度实施20多年来，排污收费项目虽然已经有废水、废气、废渣、噪声、放射性等五大类，取得了一定的成效，但现行的收费制度尚存在诸多问题，不利于环境污染的防治。例如收费标准明显低于治理费和运转费，某些排污者宁愿交费也不愿治理或运转自己的污染治理设施；在资金返还给企业后，多数被用作生产发展资金，只有少数真正用于治理污染；超标排污行为不被视为违法，这使排污者更乐于缴纳低额超标排污费；收费资金被有关政府部门挤占、挪用、非法使用，其中仅有一部分用于环境污染防治。再如，现行制度中对于某些较重要的污染物排放还没有制定相应的收费标准；各项环境法对该项制度的规定显得过于简单和原则。从资金归属上看，目前排污费都归地方所有，中央财政不参与排污收费的分配，因而也不能对之进行有效地调控。
除排污收费制度外，目前我国某些税种还具有环保功能，比如资源税、消费税、城市维护建设税和耕地占用税等。这些都是临时性、阶段性的保护政策，缺乏系统性、整体性，结果一方面保护范围极其有限，另一方面也由于分布过散，无法集中力量进行治理，对环境保护的调节乏力。
排污收费制度不能再适应对费用强有力监管和环境治理的现实要求，已经完成了历史使命。同时，分散在其他税种的具有环保功能的税收部分功能不明显。因此，必须寻找新的途径支撑可持续经济的发展。按照国家“费改税”和税制调整的思路，增设环保税，将有关收入统一纳入到特定税种（环保税）的强有力的监管之下。目前，我国城市空气质量达到国家空气质量二级标准的城市仅占41.7％，城市空气污染日趋严重。酸雨在湖南、浙江和江西的部分区域污染进一步加重。主要淡水水系水质没有得到根本好转，海洋污染加剧，噪声污染已成为城市居民反映最为强烈的环境问题之一。原则上，税种的设定必须兼顾污染烈度及税基的稳定性和征收的可操作性，参考国际做法，我国可明确以下环保税种：
大气污染税该税对于大气污染排放源控制及治理有很强的针对性。工业生产中排放的二氧化硫（SO2）与氮氧化合物（NOx）是造成雨水酸化最主要的污染物。为有效防治酸雨的蔓延，美国在1972年设立了二氧化硫税，该税根据二氧化硫排放浓度的地区差异分等级征收：二氧化硫的浓度达到一级标准的地区，每排放一磅硫征税 15美分；达到二级标准的地区，每磅硫10美分。对于氮氧化物的排放，法国、意大利等国都是通过氮氧化物税加以控制的。大气变暖的原因是二氧化碳的超量排放，需要国际合作采取联动措施才能从根本上得到防治，中国以负责任的态度于1998年5月签署了《京都议定书》，2005年2月中旬生效。中国是该国际协议的签署国，自然要承担防止大气变暖的相应义务。英国较早开征了二氧化碳税的国家，计税依据是二氧化碳的排放量与浓度。征收的主要目的是，鼓励减少矿物燃料使用量，特别是碳含量高的燃料，达到减少排放二氧化碳的目的。二氧化碳税从构成上看属混合型税种，一部分由能源含碳量决定，所有固体和液体矿物能源（比如煤、石油及其各种制品）都要按照其碳含量交纳碳税。另一部分由能源的发热量决定，主要是针对矿物能源和非矿物能源，如电力征税。
对我国来说，具体办法是：以我国境内的企事业单位及个体经营者的锅炉、工业窑炉及其他各种设备、设施在生产中排放的烟尘和有害气体为课税对象，以排放烟尘、扬尘和有害气体的单位和个人为纳税人，根据二氧化碳排放量征收二氧化碳税控制二氧化碳排放量，按排放量对氮氧化物征收氮氧化物税。
水污染税水污染税是对水体污染行为征收的税种，目前许多西方工业化国家均对污染水质的行为征税。德国制定了《联邦废水税法》，以废水污染单位为基准，实行统一税率，普遍征收。当排放废水达到最低标准时，可减免税款，并规定进行污水处理设施投资的，可予减税。荷兰则以“人口当量” （相当于每人每年排入水域的污染物数量）征收水污染税，纳税对象包括公司、企业、家庭和个人。中国水污染程度较为严重，污染企业主要集中在低端制造业，比如造纸、印刷、化工、食品等行业。该税可考虑以我国境内的企事业单位、个体经营者及城镇居民排放的含有污染物质的废水为课征对象，以排放废水的单位和个人为纳税人，对企业和个人应分别采取不同的征收办法。
具体办法是：水污染税按废水排放量定额征收，但由于各种废水中污染物的种类和浓度不同，污染程度也不同，因此，按某种方式制定一个废水排放的“标准单位”，再将纳税人的废水排放量折算为标准单位后纳税。
垃圾税随着经济发展加速，企业投资规模和生产能力扩大，人民消费水平改善，城市和居民区日渐集中，垃圾污染也成为现代生活不得不面对的严峻问题。垃圾税分两类，一是针对居民日常生活废弃物征收生活垃圾税，二是生产型单位产生的固体废弃物征收固体废弃物税（即工业垃圾税）。荷兰的垃圾税是由政府对家庭征收的一种税，该税的征收目的是为收集和处理垃圾来筹集资金。垃圾税的每一个家庭为征收单位，人口少的家庭可以得到一定的减免。这种按家庭征收的方式仍有其不公平之处，因为每个家庭产生的垃圾数量是不同的，课以同样的税额有失公平。对此，荷兰政府又开征了垃圾收集税，各地市政府可以在这两种税之间进行选择。垃圾收集税根据每个家庭产生的垃圾数量来征收，以小型垃圾箱为征收单位，税额根据每个家庭装满垃圾箱的数量及每个垃圾箱的单位税额来确定，可以做到相对公平些，有利于减少家庭垃圾。
美国对固体废物实行饮料容器押金法，即顾客在购买饮料时要预先交上一定的押金，到归还空容器时再退还押金。实行这种办法，可减少随意乱仍废饮料包装物现象，以达到保护自然环境和节约能源的目的。1993年，比利时在《环境税法》中对固体废物的征税也作了类似的规定：环境税适用于饮料容器、废弃的照相机、工业使用的某些包装品、杀虫剂、纸以及电池等各类产品。
我国固体废弃物集中在大型制造企业，如机械设备、石油化工等行业，具体有包装物、旧轮胎及部分有放射污染的固体废弃物等。固体废弃物税可以考虑对物品特别是一次性消费品在其生产或使用环节就予以征税，鼓励节约使用和回收再利用行为。以我国境内的企事业单位和个体经营者排放的各种固体废物为课征对象，以排放固体废物的单位和个体经营者为纳税人。对不同种类、需用不同方式处理的垃圾应采用不同的征税方法。工矿企业排放的含有毒物质的废渣与不含有毒物质的废渣及其他工业垃圾应视其对环境的不同影响，分别设置税目、规定有差别的定额税率。以垃圾排放量为计税依据，实行以量课税。在税率设计上，对同一种类的垃圾，还应按不同堆存地点，不同处理方式区别对待。
农业污染税主要是对环境有重大危害的农药和化肥征收。农药税最早开征于瑞典，后来丹麦、芬兰、挪威均开征了该税。化肥、农药使用及不合理灌溉引起的污染对农产品品质产生了严重危害。据我国农业部门近年对320个污染点的调查表明，全调查区受重金属污染的农产品总面积占调查区的80％，大城市常年食用的蔬菜硝酸盐含量多数已超过临界水平。今后，我国化肥、农药等农业化学品的使用量还将进一步增加，预计2010年，集约化养殖场的COD负荷占全国工业和生活COD排放量的比重将从上世纪90年代中后期的约20％提高到70％左右（COD， Chemical Oxygen Demand，化学耗氧量，是利用化学氧化剂将徘水中可氧化物质，如有机物、亚硝酸盐、亚铁盐、硫化物等，进行氧化分解，然后根据残留的氮化剂的量计算出氧的消耗量，它是表示水质污染度的重要指标。COD值越小，说明水质污染程度越轻）。我国有效土地使用面积有限，再加上城市化的急剧推进，决定了人多地少这一土地资源根本格局，农业增长方式只能以提高单位亩产为主。这样，大面积使用化肥、农药增产增收，成为现代生产方式不得以的选择。
农业污染税可以根据化肥及农药污染物的含量、释放速率，决定征收税额，针对生产企业进行征收，而不针对农户和集体等农业生产单位，以保护其农业生产积极性，从源头上控制污染的原则。
噪音税主要为了限制噪音的产生和泛滥，所征得税款用于防噪音建设投资。该税有地点针对性，比如居民生活环境周围的临近机场、重大施工现场等区域，征收对象不同。开征噪音税是西方国家用来控制噪音污染的有效方法，是对超过一定分贝的特定噪音源所征收的一种税，但具体征收对象和方法各国不尽相同。针对飞机所产生的巨大噪音，美国规定，对使用机场的每位旅客和每吨货物征收一美元的治理噪音税，税金被指定用于支付机构周围住区的隔音费用。日本、荷兰的机场是按飞机着陆的架次计征，税率高达足以使航空公司认识到安装噪声控制设备比交纳噪音税更为合算的水平。再如，荷兰规定：夏季早晨驶入或晚上驶离拥挤区域的车辆分别征税 1.25美元和0.50美元，冬季则分别征0.50和0.35美元。德国也开征了汽车噪音税，将其列入交通噪音防止法的范围。
我国早在1979年颁布的《环境保护法（试行）》就明确规定：对超过国家规定标准排放污染物的，要收取“超标排污费”。1982年颁布的《征收排污费暂行办法》，对征收排污费的范围、标准、资金的管理与使用等作了具体规定。后来，《大气污染防治法》、《水污染防治法》等环保法律，也是依据这些法律法规的条文规定，将收费作为污染防治的经济办法，这与环保税税种的设计初衷和思路明显冲突，因此，此等法律法规的修改显得十分紧迫。
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