2001年，棉花和粮食流通体制改革迈出新步伐：棉花放开收购，实行社企分开和储备与经营分开；粮食放开销区，保护产区，省长负责，加强调控。
2003年9月后，粮食价格出现上升趋势；此后，国家三次大幅度提高了粮食和主要农产品收购价格。
2004年，为扭转粮食生产连年下滑的严峻形势，粮食直补措施出台。当年全国29个省（市、区）安排补贴资金120多亿元。
从2004年开始，广东、福建、浙江等地劳动力市场用工告急，仅珠江三角洲地区，民工缺口保守估计达200万人，“民工荒”现象使很多企业都为招不到农民工而发愁。
2004年，中央一号文件——《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》正式公布，提出加大减免农业税力度等一系列重大政策措施。4月，部分省市开始进行免征农业税改革试点。
2004年的政府工作报告宣布：“逐步降低农业税税率，5年内取消农业税。”
2005年的政府工作报告宣布：“明年将在全国全部免征农业税，原定5年取消农业税的目标，3年就可以实现。”
“三农”问题是困扰中国经济社会的老大难。中国有9亿农民、2.3亿小农户、78万个行政村，占中国GDP14％的农业产值供养着70％以上的人口。十六大报告对“全面小康”的解释是惠及十几亿人的小康，而如果农村不实现小康，就不会有全面小康目标的实现。
解决“三农”问题，对全面实现小康、构建和谐社会目标的重要性不言而喻。事实上，从取消农业税开始，“三农”问题对中国经济社会发展的重要性就被提到了一个前所未有的认识高度。免征农业税，结束在中国大地上延续了2600年的“皇粮国税”历史，可以看作是中国财政税收结构、小区域经济结构、社会结构、甚至是国家宏观经济结构等一系列深刻变革的开始。
不过，这还仅仅是个开始而已。破解“三农”顽症，需要耐心，需要勇气，也需要智慧。“十五”期间，“统筹城乡经济社会发展”、“工业反哺农业、城市支持农村”、“以工促农、以城带乡”等新思路的提出，为下一步改革和发展明确了方向。
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