1994年的分税制财政体制创新，选择了“渐进式”改革路径，初步搭建了政府间财政关系的基本框架，但一些关键之处仍有待进一步改革完善。
分税制留下三点“缺憾”
一是对既得利益的照顾，回避了改革中一些关键环节和主要矛盾。
以1993年为“基数”的“两税”“增量”改革之路，日后几乎所有财税改革、政府间财政关系调整都纷纷“效仿”，过多“增量”改革路径的选择，回避了改革的一些关键环节和主要矛盾，致使部分改革流于某种“简单形式”上的转换，改革成效打了折扣。
二是政府间事权及财政支出责任划分还不够清晰。
1994年财税体制改革，在政府间事权划分上，存在着某种程度上的“内外不清”、“上下不明”及“你中有我、我中有你”等问题。时至今日，制度安排和体制设计上的一些不足，制约着科学、规范分税制财政体制更有效的构建。
三是过分强调财权而忽略事权调整。
1994年财税体制改革的出发点之一，是要适当提高中央政府的财权集中度，采取一种“倒轧账”方式，确定中央与地方的财力规模比例。这种“自上而下”的改革，由于过分强调“收入”而忽略“事权”的及时、适当的调整，不知不觉中步入“集权”与“分权”的怪圈。
谨防现行体制向旧体制复归
循着10多年历史轨迹，透过十几年数据和典型案例的分析，可以看到现行财政体制客观上存在着复归“旧体制”的一些“迹象”。
首先，过多采用“共享税”模式，存有复归“比例分成”的现实。
按照1994年的改革思路，分税制财政体制的最终目标是通过逐渐完善中央税与地方税体系，逐步取消非规范的“共享税”。而自1994年实行分税制财政体制以来，我国的地方税体系没有发展壮大。
1994年中央与地方的共享税种只有3个，即增值税、资源税率和证券交易（印花）税率，占税种总数的10%；而目前“共享”税种数量已扩大到12个，占税种总数的3l%；共享税收占全国税收的比重也由1994年的55%增至2003年的70%左右，净增约15个百分点；在证券交易税和所得税中的共享比例，中央政府分享比例逐步提高。
近10多年来，一些有可能成为地方预算收入主体的地方税种（如个人所得税、企业所得税），先后改为由中央和地方共享收入。同1980年～1993年的改革相比，1994年以来的财政体制改革发生了大变化：从财政分权化重新走向财政集权化。从某种角度上来分析，或多或少地有向原来“比例分成”模式复归的倾向。
其次，“小地方税，大转移支付”格局，存有复归“统收统支”的倾向。
随着中央与地方共享税种数量的增多、共享比例的提高和共享比重的加大，自然而然地弱化了地方税体系。分税制改革以来，一些属于地方的税种，如固定资产投资方向调节税、农业税（含农业特产税）、牧业税等取消，土地增值税、屠宰税、宴席税等税种基本上有名无实，遗产税尚未开征。从数量上看地方税有13个税种，占29个税种的45%，但目前真正属于地方主税种的为营业税（不含铁路、各银行总行、各保险公司集中交纳部分）、房产税、契税等。分税制改革初期，地方税约占全国税收总量一般为20%～30%，到2003年这一比重降至10%左右。地方税体系的“缺失”，与分税制改革时所确定的“财权与事权相统一的原则”并不吻合。
统计显示，以1993年为界，中央和地方政府财政收支比重发生了较大变化。到2004年中央政府收支比重偏差高达29%，其背后寓意在于地方政府近l/3财政支出是通过中央政府规模巨大的转移支付来弥补的。
1995年～2004年，地方财力规模由4383亿元提高到17896亿元，年均增长16.8%，其中近60%来自中央政府的各项补助。在中央对地方庞大补助的背后，隐含着某些不合理因素：一是两税返还、所得税返还属于中央与地方“共享收入”的范畴，2004年二者比重高达l/3（35.3%）；二是作为有条件转移支付的各类专项，常有“财权部门化”的性质，即各部门作为“第二财政”在参与国民收入的“二次分配”，过多地体现为部门利益，加之需要地方政府层层“配套”，是中央各部门“条条”影响地方政府“块块”的载体，难以全面有效地体现中央政府施政意图，2004年这一比重达31.7%；三是财力性转移支付包括原体制补助、一般性转移支付、民族地区转移支付、调资转移支付、农村税费改革转移支付、取消农业特产税降低农业税率转移支付、县乡政府机构改革转移支付、结算补助及其他补助等。而属于均等化性质的有一般性转移支付、民族地区转移支付两项。2004年在中央政府2934亿元的财力性转移支付中，一般性转移支付为745亿元（占25.4%），民族地区转移支付994亿元（占2.6%），占中央补助地方总量的l7%.
从上述分析可以看出，现行政府间规模庞大的“资金流”，多数是“上解下划”。上级政府通过集中财权，建立了让下级政府高度依赖上级政府的财政体制，下级政府通过“跑步进京（省、市、县）”，为地方争取财政收入。2005年，全国地方一般预算收入14875.5亿元，而地方一般预算支出高达25022.2亿元，41%的支出是来自中央政府各类补助的。
现行的分税制财政体制，某种程度上符合“单一制国家中央政府适度集权、地方政府适度分权”的一般原则，但从深层次来分析，这种重经济分权、轻行政分权的改革，随着时间的推移，会遇到一些新的问题：更高一级政府层层集中财权，不断拓展“条条”管理范围，从财权、事权、组织管理等多层面强化对地方政府的管制，与“一级政府、一级事权、一级财权”的基本原则形成某种矛盾。
第三，省以下财政体制不完善，基层财政有演变为上级财政“附属物”的可能。
1994年分税制财政体制改革，主要确定了中央与省级政府之间财政关系。但事实上，在省以下这种“分税”模式只能是“名存实亡”，仍然延续着“财政包干”时期的做法。其时，市场经济体制尚处于起步阶段，在几千年“大一统”思想和长期计划经济思维方式“双重”作用下，政府与市场的关系、政府与政府的关系、事权与财权的关系、分税制与转移支付的关系、分税制与其他配套改革的关系，等等，没有得到科学、合理的划分和界定。从目前的情况看，财权层层上收，事权层层下移，转移支付链条过长，上级政府过多财政管制，弱化了基层政府行使职权的物质基础。
通过财政自给能力的初步分析可知：17年来，地方政府财政自给能力处于逐年下降的变动趋势，以1994年分税制改革为分界线，降幅进一步加大。地方级财政自给能力由1987年的1.03降到2004年的0.59，以年均4%的速度下降，其中：省级为1.6%，地市级为5.1%，县级为3.4%，乡级为4%.进一步分析，从乡镇、县级、地市级到省级，层层需要依靠上级政府补助“过日子”、“办事业”。
分税制财政体制改革以来，在我国地方各级财政，一个普遍的现象，就是下级政府经常要面对来自上级的财政管制，主要表现为“上出政策，下出资金”。上级政府制定统一政策，直接影响着下级支出规模和支出方向，影响着下级政府的预算平衡。根据财政分权的具体要求，“一级政府，一级事权，一级财权，相对独立，自求平衡”，在既定的法制化的事权划分格局下，根据所承担的政府事权，各级政府具有决定政府支出规模及支出方向的权力。但财政管制各级政府间事权划分的基本格局不稳，直接导致地方政府缺乏必要的财政自主权。一些农村地区基层已因此财政陷入财力困境。
