建国以来，受计划经济的影响，我国长期实行城乡分割的管理模式，形成了城市与农村两个完全不同的二元社会结构，改革开放后，随着社会主义市场经济体制的建立和完善，城市与农村经济社会的自动融合进程不断加快，诸多方面都在改善，但二元结构的问题还没有得到根本克服。在税收方面，我国税制结构的城乡二元分割特征也相当明显。
因此，完善税收政策，在建立城乡统一的税制过程中，必须革除旧体制存在的对“三农”的歧视性，加快实施有利于“三农”的税制建设。
首先，建立与提供农村公共服务相对应的税收分享体制。农民是城镇生产商品的主要消费者，其消费行为负担了相应的税收（如增值税），但对应农村公共服务应分享的税收，现行财税体制却主要分配给了城镇的商品生产、流通环节，也就是说，农民虽未享受城镇公共服务却变相地负担了城镇公共服务的税收，因此，必须建立与提供农村公共服务相对应的税收分享机制，要通过改革完善企业所得税、营业税、增值税等税种的缴纳环节、纳税地点和共享比例等办法，如将生活用品的增值税征收环节设置为最终消费环节，从而实现提供农村公共服务与农民负担或上缴税收收入的分享相对应。
其次，实现城乡无差别，甚至涉农超国民税收待遇。建议尽快将适用于城镇居民的各种税收优惠政策的适用范围扩大到广大进城经商、务工等农村富余劳动力，如对农民工进城从事个体经营（除建筑业、娱乐业以及广告业、桑拿、按摩、网吧、氧吧外）的，视同下岗职工再就业享受减免税政策。如鼓励企业安置农民工就业，可比照企业安置下岗职工享受相关税收优惠。同时针对农村、农民、农业在信息、资金、就业等各方面相对于城镇居民存在更多不利条件的现实，实行比城镇更加优惠的税收政策，如对进城从事个体经营的纳税人实行比城镇居民更长的减免税期限，对农业技术培训、推广等免征一切税收，对农村集体资源的承包、出租设置税收免征额等等，为社会主义新农村建设提供全方位的税收优惠政策支持。
再者，通过设立专门的税种，支持农村基础设施建设。建议借鉴城市建设资金筹集的有益经验，像设立城市维护建设税一样，设立专门的农村基础设施建设筹资专门税种，也可以将城市维护建设税改为城乡维护建设税，分设城镇和乡村两个品目，通过开征这种特定目的税，开辟专项财源，早日还清农村基础设施建设的历史欠帐。
第四，应形成有利于农业产业化的税收政策体系。农业产业化需要良好的经济税收环境和强大的资金、技术、土地等基本要素的支持，因此，建议通过降低农产品深加工企业的税负，完善农业产业化相关生产要素的税收优惠政策，形成有利于农业产业化的磁场效应。如全面实施给予农产品加工企业贷款利息收入免征营业税的优惠，为农业产业化提供资金支持，给予农业技术推广、农业高新技术企业免税优惠，促进农业产业结构的调整和升级，改现行的对农资生产补贴为农业生产直接补贴，确保税收优惠不被农资的生产、流通环节截留。配合农村土地流转制度改革，对农业用地转让设置免税优惠，加快农业用地的流通，为农业产业集群的形成提供土地支持，提高土地资源的社会价值产出和社会财富创造能力，推进农业产业化，实现工业化。
