2006年10月20日，国家税务总局出台《关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》，（以下简称《通知》），《通知》规定：“普通标准住宅”的认定，根据《国务院办公厅转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》制定的“普通住房标准”的范围内从严掌握。
即今后北京征收土地增值税时对普通住宅的认定标准是：住宅小区建筑容积率在1.0以上、单套建筑面积在140平方米以下、实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.2倍以下。“链家地产”市场研发中心认为，根据当前北京市执行的土地增值税情况，该《通知》出台后将主要影响中高档二手房房，使其交易成本加大。
以通州区地税执行的住宅土地增值税征收办法为例：仅以140平米为界区分普通住宅与非普通住宅，140平米以下房产不征收土地增值税；140平米以上房产，须通过指定的评估交易所出具评估报告，评估价高于出售价的，不征收土地增值税；评估价低于出售价的，征收出售价减去评估价后30—60%税率不等的土地增值税。而按照2004年7月份出台的《中华人民共和国土地增值税暂行条例》，土地增值税的征收方法为按照增值额（计算增值额的方法为：出售价—取得土地使用权所支付的金额—开发土地的成本、费用—新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格—与转让房地产有关的税金—财政部规定的其他扣除项目）30—60%不等的税率计算。
举例：王先生出售其在新华联区域一套房产，建筑面积为135平米，单价为5800元/平米，再上市交易的单价超过同级别土地价格（新华联为六级土地，土地价格为4842元）的1.2倍。评估价格为70.47万（一般评估价格为出售价格的90%），低于出售价格78300元。
王先生该套房产为小于140平米房产，在《通知》出台前，该套房产为普通住宅，不需交纳土地增值税；而按照出台后的《通知》执行，该套房产的出售单价高于同级别土地价格的1.2倍，为非普通住宅，需要交纳土地增值税78300×30%=23490元。
因此可以看出，《通知》对普通住宅标准从严把握，影响了部分面积相对较小、单价相对较高房产，使其交易成本加大，尤其是加大了小户型公寓等中高档二手房的交易成本。
另外，“链家地产”市场研发中心认为，鉴于以往营业税、个税等交易环节税费的增加并没有明显的平抑二手房价格，反而使增加的交易成本转移到房价上的客观事实，在当前严重处于卖方市场的二手房市场征收土地增值税也很难能够有效平抑房价，甚至有可能因交易成本的增加使二手房市场发展滞缓，反而不利于整个房地产市场的发展。不过，当前各区征收土地增值税的方法并不统一，征税方法的不同会影响到计算增值额的大小，也就导致了征税额度的大小。因此征税方法影响增值额度越大，对二手房市场影响越大；反之越小。
附：土地增值税实行四级超率累进税率的详情为：
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30% 。
增值额超过扣除项目金额50%、未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%。
增值额超过扣除项目金额100%、未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%。
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%。
