近年来，随着我国社会主义市场经济的不断深入和发展，一些具有一定实力的跨国企业为了占领市场，纷纷在我国各地设立分公司，实现跨区域经营。跨区域经营企业的增多，给税务机关日常税收管理带来了挑战。各级税务机关按照科学化、精细化管理的要求，积极应对挑战，采取有力措施，建立健全联合税务审计机制，使我国涉外企业税收管理水平迈上新台阶。
一是探索和建立有效的跨区域经营企业的税收管理模式。
针对企业总分机构在会计上分别实行独立核算，在所得税缴纳方式上实行各分支机构向总机构报送会计报表，由总机构合并会计报表后汇总缴纳企业所得税，造成总机构所在地税务机关在日常管理中难以了解和监控各地分支机构的财务和纳税情况，而各分支机构所在地的税务机关偏重流转税的审核，总分机构税务机关之间缺乏信息反馈机制，出现税务机关管理的漏洞的问题，国家税务总局制定下发了《涉外企业联合税务审计暂行办法》，明确了对跨区域经营并实行汇总（合并）缴纳企业所得税的涉外企业实施联合税务审计。从而，以税务审计为突破口，进一步规范涉外企业税务的管理手段和方法，提高税收管理的质量和效率。
二是对跨区域经营涉外企业实施跨区域联合税务审计。
2004年，总局直接牵头组织实施首户涉外企业所得税联合税务审计工作，在相关8个省市税务局通力合作下取得了较好的成效，除调增应纳税所得额1796万元，查补入库企业所得税、滞纳金合计686万元外，更重要的是为建立有效的跨区域经营企业税收管理模式取得了宝贵的经验。目前，在总结该户企业联合税务审计工作经验的基础上，总局又组织实施对另外两户涉外企业的跨省市联合税务审计。并且，各省市税务局均按照联合税务审计办法，积极尝试和探索，通过加强区域间的税收管理协作，提高税收征管效率。
三是对在同一地区经营的涉外企业实施国税局、地税局联合税务审计。
对国税和地税部门共管的涉外企业，在《涉外企业联合税务审计办法》中确立了对共管户进行联合税务审计的工作机制。各级税务机关按照《涉外税务审计规程》，根据自身实际采取有效措施，例如在组织上成立“涉外企业联合税务审计领导小组”，在工作上建立统一领导、统一部署、统一选户、统一审计、分别处理的“四统一分”原则，强化了内部管理与协作，有效地遏制了多头下户现象，大大降低了税收遵从成本，提高了纳税服务水平和工作效率，受到纳税人欢迎。
四是联合税务审计工作的开展取得良好效果。
一方面，按照科学化、精细化管理的要求，强化了对涉外企业的税源管理，保障了税收收入。对跨区域经营并实行汇总缴纳企业所得税涉外企业的跨省市联合税务审计，由国家税务总局直接组织实施，并授权总机构主管税务机关委托各分支机构主管税务机关实施同期审计，有效地促进了总、分支机构税务机关的协作配合、信息共享，有助于把握税收政策和审计口径的一致性。另一方面，优化了纳税服务，提高了纳税人税法遵从度，密切了税企关系。涉外税务审计的结论比较公正、程序比较规范、技术比较先进，通过规范化的税务审计，可以对企业业务流程、财务核算和业务管理等内控制度进行复核、测试，以及动态分析，帮助企业发现自身管理存在的问题，并为企业改进管理和正确履行纳税义务提出有针对性的建议，这种审计方式得到了企业的认可和配合。特别是联合税务审计工作实现了税务管理内部横向和纵向的联合，加强了各级税务机关之间审计技术的交流，规范了税务机关间的协作配合，使税务审计人员开拓了思路，提高了税务审计技能，增强了实际操作能力，提高了税务干部的业务素质。
