杭州宓大昌烟庄
民国时期烟行牌照
1927年，南京国民政府成立初期，沿袭北洋政府的办法，将烟酒牌照税与烟酒税、烟酒公卖费混合在一起，列为国税。从税收的性质上看，烟酒牌照税是对特许营业征税，属于营业税性质，而烟酒税则属于消费税性质，它们本不能混合在一起，但由于创办时被定为国家税，统归全国烟酒事务署管理征收，税款直接上交中央政府，故列在烟酒税之中。
1927年4月，国民政府整顿烟酒税收，对1914年颁布的《贩卖烟酒特许牌照税条例》加以修订，更名为《烟酒牌照税暂行条例》。同年12月，国民政府财政部颁布《卷烟牌照税章程》，规定营业牌照分特别、普通两种，有特别营业牌照者，出售卷烟不限种类；有普通营业牌照者，只准售卖在卷烟厂贴花制造的卷烟。该章程公布后引起了烟酒销售商的强烈反应，他们认为，经营烟酒的商人，既要纳烟酒牌照税，又要纳卷烟牌照税，近乎一税两征。
1928年3月，国民政府财政部规定将烟酒和卷烟一起并入征收范围。营业牌照分整卖、零售两种：凡以大宗烟类批发给零售商人的为整卖营业，凡以烟类零售给消费者的为零卖营业。1929年6月，国民政府财政部又对章程予以修正：凡售卖华、洋烟类，包括土制烟丝、机制卷烟及一切华、洋烟叶制造品，均须纳税，领取牌照后始得营业。
1931年7月，国民政府财政部鉴于对烟类、洋酒类、酒类营业牌照税的规定多有抵触，于是将三项章程合并改为《烟酒营业牌照税暂行章程》及《烟酒营业牌照税实行细则》公布实施，将土烟、土酒、卷烟、洋酒合并征收牌照税。《烟酒营业牌照税暂行章程》规定整卖营业分三级：甲级，卷烟厂的分公司及经理分销处；乙级，趸批买卖的烟草行；丙级，经营各种烟类的批发店。零售营业分为五级：甲级，开设店肆专营各种烟类者；乙级，他种商店大部分兼营各种烟类者；丙级，他种商店兼售各种烟类者；丁级，设摊零售烟类者；戊级，零售烟类的负贩者。
烟酒牌照税虽兼有营业税性质，但以往一直与烟酒公卖费同属中央收入。1931年6月，国民政府公布的《营业税法》第二条规定：“中央征收之烟酒牌照税，除由中央留十分之一外，其余拨归各省市，作为地方收入。”此后，国民政府财政部呈准在牌照税中先提二成作为征收经费，再提二成作为烟酒登记费，以便整理牌照，余数再照营业税法规定，按一九比例分拨给国库与省库。
1934年6月，国民政府财政部召开第二次全国财政会议，决定减轻田赋，废除苛捐杂税，而且为弥补地方财政不足，决定将烟酒牌照税全部划归地方，自7月1日起，改由地方征收。
烟酒牌照税改为地方征收以后，有的地方仍然保持烟酒牌照税的税种，有的地方将其归入普通营业税征收，烟酒牌照仍由国民政府财政部制发。1941年9月，国民政府行政院公布《营业牌照税征收通则》，将具有营业牌照性质的捐税，一律改为营业牌照税征收，至此，专就烟酒征收的牌照税不复存在。
