“十五”期间，全国税务系统认真贯彻税收工作总体要求和整顿规范市场经济秩序的统一部署，坚持标本兼治、内外并举的原则，不断强化组织领导，加大工作力度，重点对税收秩序相对混乱的行业和税收征管较为薄弱的领域进行专项检查和税收整治，集中力量查办重大涉税违法案件，有效打击了税收违法犯罪活动，有力地促进了税收征管水平的提高。
整顿和规范税收秩序是一项长期而艰巨的工作任务，是税务部门常抓不懈的一项重要工作。在“十五”期间，为了将整顿和规范税收秩序工作推向深入，国家税务总局在调查研究的基础上，制定了《整顿和规范税收秩序工作规划》，明确了整顿和规范税收秩序工作的总体目标和工作措施，以指导各地税务机关有计划、有步骤地开展以涉税案件查处为重点的整治税收秩序工作。
严查涉税大案要案“十五”期间，全国税务系统以整顿和规范税收秩序为契机，抓住要害，突出重点，点面结合，以点带面，集中力量查处了一批影响恶劣、危害严重的大案要案，有效地震慑了犯罪分子，遏制了违法犯罪案件蔓延的势头。同时，通过及时总结经验，发现作案规律，采取应对措施，弥补税收征管的漏洞，为国家挽回了巨额税收损失。国家税务总局采取有效措施，积极做好涉税违法犯罪大案要案的查处与督办工作。5年来，仅由国家税务总局稽查局直接组织查办和督办的全国性涉税大案要案就达1016起，查补收入（含补税、罚款、加收滞纳金）138亿元。据不完全统计，5年来各级税务机关向公安机关移送涉税违法犯罪案件共计27746件，追究了犯罪分子的刑事责任；通过新闻媒体、税务公告等形式曝光涉税案件及涉案企业39258件，产生了巨大的社会影响。涉税大案要案的查处，极大地打击了涉税不法分子的嚣张气焰，理顺了税收征管秩序。
狠抓税收专项整治在过去的5年里，国家税务总局先后部署和组织了打击骗取出口退税专项行动，开展了集贸市场税收专项治理，进行了成品油零售加油站税收整治，对白酒行业、建筑安装行业、化妆品及护肤护发行业、货物运输行业、房地产行业、医药生产及购销领域、汽车市场、钢铁生产企业、水泥生产企业、煤炭生产及运销企业、摩托车生产及销售企业、废旧物资回收经营企业、以农副产品为主要原料的生产加工企业、生产企业出口货物“免抵退”税、个人所得税等方面进行了税收专项检查。据初步统计，“十五”期间，各级税务机关共计检查纳税人714万户，发现有问题的349万户，查补收入1322亿元。
与此同时，国家税务总局部署并组织了对重点地区的税收专项整治工作，促进了涉税违法犯罪活动高发区域税收征管秩序的好转，有效打击了偷逃骗税活动。例如，近几年对广东潮汕地区骗取出口退税问题、茂明地区税收征管秩序、河北保定和宁晋地区废旧物资回收企业、浙江绍兴纺织印染行业出口退税等开展了税收专项治理工作。据统计，2005年全国共有25个省区国税局和15个省区地税局，结合当地实际情况，开展了区域税收专项整治工作，取得了较好成效。
在此基础上，各级税务机关积极组织力量，对重点税源户进行检查，对其执行国家税收政策和税收管理中存在问题等情况开展深入剖析，既发现了存在的问题，又发挥了以点带面的工作效应，实现了重点突破、点面结合。通过对大型企业进行税收专项检查，社会影响大、舆论反响好，促进了大型企业依法履行纳税义务，起到了较好的示范作用。
加强部门协作配合加强与公安机关的工作联系与配合，是有力打击涉税违法犯罪活动，整顿和规范税收秩序的有效手段。“十五”期间，国家税务总局与公安部建立了两部局联合督办案件和工作协作机制。每年定期召开税警联席工作会议，就双方联合开展打击涉税违法犯罪活动，积极开展合作。近些年来，国家税务总局与公安部连续以打击虚开发票、制售假发票违法犯罪活动为主题开展部门间协作，联合进行税收专项整治，重点查处利用虚开货运发票、废旧物资发票、农产品收购发票、伪造海关代征进口增值税专用缴款书等手段骗抵增值税等违法犯罪活动，以及非法印制、销售假发票活动。通过加大打击力度，捣毁了一大批伪造、印制假发票窝点，摧毁了其运输、销售网络，收缴了大量假发票，使不法分子受到应得的法律惩处。
针对近年来全国性涉税违法恶性案件屡有发生的情况，为及时追回流失的国家税款，严惩涉税犯罪分子，国家税务总局与公安部对涉税大要案件采取共同调配力量、集中优势兵力的方法，使许多案件在最短时间内得到侦破。为了更好地发挥部门协作的综合优势，税务机关在一些涉税案件查办初期即提请公安部门提前介入，借助公安部门的力量，对涉税主要犯罪嫌疑人进行布控抓捕，以提高涉税案件查处的效率与质量，使涉税不法分子受到应得的惩罚。据不完全统计，5年来在各类涉税违法犯罪案件中共拘役1759人，判处三年以下有期徒刑1500人，判处三年以上七年以下有期徒刑437人，判处七年以上二十年以下有期徒刑255人，无期徒刑42人，死刑18人。通过密切税警合作，强化综合治理，对打击涉税违法犯罪和规范税收经济秩序起到了良好的推动作用。
