当前，一些行政事业单位无视国家税法的规定，千方百计偷逃税收。从近几年对行政事业单位财政检查情况看，其税收流失的主要原因有：
纳税意识淡薄，认识不高。一些单位的领导和财务人员纳税观念不强，认识模糊，普遍认为行政事业单位经费来源主要是财政拨款，“吃财政饭的”，不需要纳税。“交税就是企业、个体私营业主的事，与行政事业单位无关”，纳税申报也就无从谈起。此外，税务部门在税法宣传和税收征管方面，眼光仅局限于企业和个体私营业主的身上，忽视了行政事业单位，这也是造成行政事业纳税意识淡薄的一个重要原因。
票据管理混乱，监控不严。目前，行政事业单位使用的票据种类较多。有行政事业性收费统一票据，也有非经营性内部往来收据，还有服务业等统一发票。有财政部门发放和管理的，也有税务部门发放和管理的，还有单位从省、市以上部门或系统自行领取和经批准自行印制的。由于财政、税务部门在发票管理方面，各管各的，缺乏必要的沟通与协调统一，行政事业单位在票据使用的业务范围上存在着“你中有我，我中有你”的交叉串户现象。由于税务部门对行政单位经营项目收费使用票据监控不严，以致应税收费项目的税收大量流失。
报账凭证不合法，假证假据悄然入账。一是“白条”报账。一些行政事业单位白条支付基本建设、维修工程款，数额巨大，况且业务发生比较频繁，但没有索取建筑安装工程统一结算发票，没有履行扣缴义务，让应代扣代缴建筑安装等税收付诸东流。二是利用非正式、过期或超范围使用的发票报账。支付业务招待费、工程结算款，以统一收款收据、商业零售统一发票或工业企业统一发票报销，更有甚者以对方开具盖有非财务结算公章的假发票、过期票据或正规的票据“小票大开”统统入账，在无形中纵容了纳税人偷逃大量税收。
化整为零，隐瞒应税收入，税收白白流失。一是承租或承包经营者偷逃房产税、营业税、城市维护建设税。行政事业单位的房屋、门店、场地、食堂、招待所、文印室等对外出租或承包经营不使用税务发票来收取租金或经营收入，或以劳务、非货币性实物等抵减租金或承包费，隐瞒了应税收入。而承包经营或承租者，既没办理工商登记，又没办理税务登记，加之依靠出租单位多方“配合”，借助其行政干预，不仅计税困难，而且税款征收阻力较大。二是个人所得税零申报、未交或少扣现象普遍。大多数行政事业单位例行公事，仅对每月个人工资部分代扣代缴个人所得税，而稿酬、实物、各种补助等工资外收入并未计入个人应税所得，有纵容个人偷税逃税的行为。
税收管理存在盲区。从近几年的财政检查来看，行政事业单位将已使用过的固定资产出售变卖或抵偿债务行为普遍存在偷逃税现象，而税务部门对此类业务留下了“空档”、“死角”，很少触及。如，有的单位出卖小汽车、摩托车等，未按变价收入依率征收增值税，也未在此基础上计征城市维护建设税及附加。
