在研究采取哪种方式解决烟叶税制转变问题的过程中，财政部、国家税务总局曾考虑过三种解决方式：
一是在消费税税目中增加“烟叶”子税目，这样做对地方收入和烟叶生产均无大的影响，但会改变现行消费税属于中央收入的财政分配体制。
二是适当提高卷烟消费税税率，然后由中央财政通过转移支付对地方财政进行弥补，好处是税制变动小，地方收入基本上可以得到弥补，但需要由中央政府向地方逐级返还收入，时间相对滞后，容易割断地方政府与烟草种植的经济互动关系，影响烟叶生产，地方财政收入也无法得到及时保证。
三是开征烟叶税，在纳税人、征税环节、税率和收入归属等主要方面基本参照原烟叶特产农业税的规定。
三种方式中，开征烟叶税最后脱颖而出。之所以如此，是因为设置烟叶税具有三个“有利于”。
其一，与烟叶特产农业税相比，烟叶税只是换了一个名称，其收入归属和税制要素均保持了烟叶特产农业税的基本规定不变，可以最大限度地实现烟叶特产农业税的税制转换，对现行税收制度、财政体制和地方财政、烟草行业等各方面利益的影响最小，操作简单，有利于改革的平稳过渡。
其二，有利于为烟叶产区地方政府提供长期稳定的财政收入来源。从税制的长远建设要求来看，对于一些带有地方性和区域性特征的税源，中央在税收立法时应考虑有相应的税收办法，以便为这些地区的政府提供稳定的税收来源。烟叶生产和收购带有明显的区域性特征，其税源总额从全国看不是很大，但对于烟叶产区地方财政来说具有特别重要的意义。
其三，有利于保持烟草税制的完整和对烟叶种植和卷烟工业实施必要的宏观调控。烟叶作为一种特殊产品，国家历来对其实行专卖政策，在烟叶的种植、收购、价格等方面实行计划管理。与之相适应，对烟叶也一直征收较高的税收和实行比较严格的税收管理。从我国的历史情况看，对烟叶始终征收相应的税种。1994年税制改革以前征收产品税和工商统一税，1994年以后改为对烟叶征收烟叶特产农业税，同时对卷烟等烟草制品征收消费税、增值税，构成对烟叶和烟草制品的完整的税收调控体系。这次停止征收烟叶特产农业税，如果在税收方面没有相应的措施加以替代或补充，等于在烟叶种植和收购环节失去了一项重要的税收措施。这不仅不利于国家取得必要的财政收入，也不利于通过税收手段对烟叶种植和收购以及烟草行业的生产和经营实施调控。从这一意义讲，设置烟叶税有利于保持烟草税制的完整性和对烟草行业实施必要的税收调控。
