“如果在不考虑税收优惠政策调整而仅考虑税率下调的情况下，内外资企业所得税合并对税收收入的影响，约在963.85亿元至1830.16亿元；如果考虑税收优惠政策调整的情况，那么影响将要小一些，具体要看税收优惠调整的力度有多大。”这是财政部财政科学研究所内外资企业所得税合并问题研究课题组得出的最新结论。该课题组认为，如果现行所得税优惠政策清理和减少20%至30%，在名义税率为25%的情况下，税收收入每年减少的幅度在931.08亿元至1349.05亿元之间；在名义税率为28%的情况下，税收收入每年减少的幅度在283.97亿元至607.89亿元之间。
除了上述结论，该课题组通过数据分析和深入研究，还得出如下四大观点：
所得税改革有利于降低内资企业税负和促进内外资企业公平竞争。从降低内资企业税负来看，如果仅考虑税率下调这一因素，对内资企业来说，每年降低额幅度在722.50亿元至1234.52亿元之间；如果考虑现行所得税优惠政策清理和减少的话，每年降低额幅度在405.29亿元至1032.79亿元之间。
考虑税收优惠政策的清理和减少，如果现行所得税优惠政策减少20%，在名义税率为27%时，外资企业税负略有增加，大体增加33.85亿元至46.92亿元之间；在名义税率为28%的情况下，2006年至2010年外资企业每年税负增加幅度在82.5亿元至114.37亿元之间。如果将现行所得税优惠政策减少30%的话，在名义税率为25%的情况下，2006年至2010年外资企业每年将增加税负在60.93亿元至83.09亿元；在名义税率为28%的情况下，2006年至2010年外资企业每年将增加税负在220.71亿元至305.97亿元。
对外国直接投资的影响，考虑到税收优惠并非吸引外资的首要因素、资本输出国能否实行税收饶让和改革后我国所得税税率仍低于大多数国家等情况，“两法合并”后，对外资企业可能仍有个过渡期，在过渡期内，外资企业享受的优惠政策与目前差别不大。
由于产业政策导向加强，外资若进入我国鼓励发展的产业，将享受到力度更大的税收优惠政策，“两法合并”后有利于提高利用外资水平。
