全面取消农业税有效减轻了农民负担，但还必须跟上相应的配套措施，才不致于将这种负担转移从而可能造成新的负担。
一、乡镇政府职能转变滞后
取消农业税后，长期围绕税费转的乡镇政府，工作量大大减少，乡镇政府的催粮派款丧失了执行空间，人浮于事的问题显得十分突出。此外，乡镇政府的财政收入不再依靠农村而主要来自上级政府的转移支付。而转移支付资金多被县政府分解到各个县级职能部门，乡镇财政完全成了“吃饭财政”。因此，乡镇政府的职能应该重新定位，将原来的部分管理职能剥离出去，由管理型向服务型转变。但是在具体实践中，基层政府职能转变严重滞后，大部分乡镇对政府职能转变基本上都停留在口头上，没有采取实际行动。
而乡镇职能转变滞后的原因是“社会稳定”的刚性约束。各级政府不愿意看到由于职能转变的冲击再增加一支乡镇干部的上访队伍。其次，虽然原则上说机构设置不要求上下对口，但是专项资金、项目等都由上级部门控制，如果乡镇没有这个部门，就要受到种种牵制。这种牵制经常直接表现为得不到上级的专项资金等非常实在的损失。再次，乡镇本身的扩张冲动强烈，编制约束力极其有限。
二、农村公共产品更显不足
取消农业税以后，乡镇政府财政收入失去了主要来源，对农村公共产品的供给更是有心无力。村委会要供给公共产品，必须筹集资金，但村委会不是一级政府，它不能有独立的公共财政权。因此农村基础设施建设短缺成为当前农村的一大难题。
农村基础设施建设短缺。以水利道路基础设施建设为例，农业税、“两工”取消后，村内小型水利建设可以通过“一事一议”的方式解决，但跨乡、跨村的道路水利设施建设工程难以开展。尤其在防洪任务重的洞庭湖区，按照防洪标准每年一线防洪大堤都要加高培厚，以前采取的办法基本上都是运用“两工”中的积累工，搞部分以资代劳，筹集资金用于堤防建设，每年用于堤防建设的以资代劳资金数目都相当大。
技术服务、农业信息等公共服务供给不足。在对农民的问卷调查中询问农民“最希望从政府那里得到什么服务”，结果显示：排在第一位的为农业技术指导。近几年来，农民的科学种田水平并没有提高多少，乡镇农技站、畜牧站、水产站等涉农部门也只是一门心思忙于自己的经济利益，很少关注对农业的技术指导。而农民迫切需要种植、养殖方面的技术，现实中普遍缺乏农业技术服务。
三、乡村两级财政运转困难
乡村两级财政收支矛盾突出。税费改革以前，乡镇财政收入主要来源于各项税费收入。农业税取消以后，农业附加税自行消失，村级运转资金来源大量减少。今年免征农业税，农业税附加收入消失，国家财政转移支付将成为村级正常运转的惟一来源，村级收支缺口会更大， 村级组织将难以发挥自我管理、自我教育、自我服务的作用。
农业税尾欠及其余税收的收缴困难。 这次在宣布取消农业税的同时，宣布暂停税改前尾欠的清收，并对欠税实行挂账停息处理。这使农业税尾欠问题成为目前农村社会的一大难题。
四、农村社会保障日益困难
中国农业人口约9亿人，其中65岁以上的老年人口约6500万人，农村人口的生活水平普遍低下。到目前为止，社会保障的覆盖面局限于城镇地区，而农村的社会保障严重滞后。大量青壮年农民进入城市后，农村老弱人群的基本保障问题更加突出。
农村弱势群体保障问题日益突出。农村社会保障工作主要是救助社会弱势群体和优待抚恤特殊群体。对于这两类人的救助优抚，主要是县级以上政府的责任，但由于资金有限，通常都要求乡村两级给予相应的资金配套或实物兑现。
农村医疗保障需求日益增加。在收入增长缓慢的前提下，疾病、养老和贫困是农民面临的最大风险。而疾病与养老相比，风险更大。因此，医疗保障成为农民在社会保障体系中的第一保障需求。但是，目前的医疗保障基本上是农民自我保障。在医药价格猛涨的情形下，农民医疗费用支出急剧增加，医疗费用攀升的幅度超过了农民实际收入增长的幅度。据统计，医疗费用的增长幅度是农民收入增长幅度的2.5倍左右，医疗费用远远超出了农民个人和家庭的经济承受能力。在农村，小病经常不看，大病看不起，一旦出现大病，则整个家庭陷入经济困顿之中，因病致贫、因病返贫现象极为普遍。农民对社会医疗保障的需求很大。
五、农村文化教育缺乏
取消农业税以后，乡镇政府收入明显减少，也影响到农村基础教育缺乏经费，“保工资”都成了很大的问题，对农村义务教育的投入越来越少。农村基础教育将面临学校危房没有资金维修，学校办公经费严重不足的困难境地。
缺乏技能培训和市场培训是目前农村劳动力的软肋。而对于农民来讲，在农村劳动力向城市的工业和第三产业转移中，很多人并不具备足够的劳动力素质，去适应城市里面的工作。而农村人口劳动力素质的关键又取决于农村教育水平，包括文化素质教育和专业的劳务技能教育。
农民的市场意识淡薄，在种、养的品种、结构上随心所欲，很少考虑市场的潜在需求。地方政府对农业结构的引导与调整又常常缺乏全局的考虑，造成一哄而上、一哄而散。取消农业税后，农业被进一步推向了市场，农民对市场的预期将直接影响农民的收入。因此，急需组织多种形式的培训，引导并树立农民的市场意识。
而基层干部的再教育问题尤为突出。当前急需解决以下问题：一是观念转变难，公仆意识欠缺。取消农业税后，乡村干部与农民的关系发生了很大的转变，乡村干部很难从观念上树立一种为农民服务的公仆意识，基层干部的服务能力也有问题。
另外，农村文化传播手段滞后。乡镇文化站大多已停止了运转，农民与外界的接触只能通过电视。在农村调查中，大多数村还没有有线电视。有些农村社会风气越来越差，人们的道德观念淡化，社会责任感缺乏，赌博之风盛行和信教农民越来越多。
六、农村土地承包纠纷增多
随着农业税取消和粮食直补、良种补贴政策的落实，土地收益回升，农民种田的积极性高涨，原来拥有土地使用权的进城农民工开始大批回乡，要求转包户和乡村干部返回原承包的土地；没有赶上农村土地二轮延包的农户，则根据国家现行的农村常驻人口。人人享有农村土地使用权的农村政策向乡村干部施压，要求重新调整土地；而目前占有土地承包权的农户，也根据国家规定的农村土地承包30年不变的政策，极力反对重新调整农村土地。 如湖南澧县某乡，失地农户高达42.2%，失地人口达31.1%.由此而引发了原承包户与现租赁户或承包户之间的矛盾，2004年该乡处理的案件就达184起，尤其是抛荒地纠纷多。这些土地承包纠纷规模大、涉及面广。
总之，人多地少的矛盾，退与不退的矛盾，调与不调的矛盾，资金补偿与资金缺乏的矛盾，将伴随着农业税取消的全过程，并相互交织，牵一发而动全身，成为当前农村社会矛盾的焦点和影响着农村社会稳定的不确定的因素。
