5月10日，国务院正式公布《中华人民共和国烟叶税暂行条例》（以下简称《条例》），以烟叶税来取代原烟叶特产农业税的税改思路得以充分体现。
在财政部财政科学研究所研究员孙钢看来，此次税制改变最大的特点就在于“平稳过渡”。
比较《条例》与已经取消的烟叶特产农业税的有关规定，二者在纳税人、征收环节、征收比例和记税依据方面基本相同。只是在征税机关上，进一步明确为地方税务机关，而从前，很多地方则由地方财政部门负责征收烟叶特产税。
2006年，农业税和农业特产税被全面取消，为什么唯独对烟叶特产农业税采取了替代而不是一免了之的方式？
据透露，在研究过程中，财政部、税务总局曾考虑过三种解决方式：
第一种方案是，在消费税税目中增加“烟叶”子税目。这样做对地方收入和烟叶生产均无大的影响，但会改变现行消费税属于中央收入的财政分配体制。
第二方案是适当提高卷烟消费税税率，然后由中央财政通过转移支付对地方财政进行弥补。这样的好处是税制变动小，地方收入基本上可以得到弥补。
但这需要由中央政府向地方逐级返还收入，时间相对滞后，容易割断地方政府与烟草种植的经济互动关系，影响烟叶生产，地方财政也无法得到及时保证。
最终，相关部委选择了目前的第三种方案，基本参照原烟叶特产农业税的规定来开征烟叶税，因为在他们看来，只有这种方式对现行税收制度、财政体制和对地方财政、烟草行业等各方面的影响最小，操作也简单，最有利于改革的平稳过渡。
中国人民大学财政系副主任张文春教授分析认为，烟叶产区地方财政特别是县乡财政的现状，显然是有关部门对烟叶特产税特事特办的一个重要考虑因素。
近两年来，我国烟叶特产税收入一直保持较平稳的态势。2004年我国烟叶特产税收入为39.7亿元；2005年前11个月，烟叶特产税收入共入库33.6亿元。
比起数万亿的财税盘子来说，这并不算多，然而，对于很多烟叶产区来说，这却举足轻重。
云南大理州的永平是国家级贫困县，2004年，该县的地方财政收入3527万元，而其中，烟叶特产税就达1139万元。而按照现行财政体制，烟叶特产农业税收入全部划归县乡财政。
“如果真的把烟叶税一免了之，对县里的影响是显然的。”5月12日，该县地税局的陈股长在电话中对本报记者坦陈，近40%的财政减收他们将无法承受。
这也是整个云南的缩影。云南同时拥有两个“之最”：一方面，烤烟实际移栽面积与合同售量国内第一，烟叶生产是该省经济的一大支柱；另一方面，它又是全国贫困面积最大、贫困人口最多的穷省，共有73个贫困县。其中，有些县对烟叶税的依赖率甚至超过了70%.
在中国，烟叶种植主要集中在欠发达的省份和地区，数据显示，正常年份，中国烟叶种植面积在1500万亩左右，其中西部就占了70%.
对此，有关部委负责人也指出，在这些地区，农业基础薄弱，经济结构和财源比较单一，当地经济的培育和公共事业的发展等基本上都要依靠地方政府的投入和推动，对烟叶特产税一免了之，“会产生一定的负面影响”。
同时，在这位负责人看来，停止征收烟叶特产农业税，会影响地方政府引导和发展烟叶种植的积极性，对于卷烟工业的持续稳定发展也是不利的。
而正是“为了保持政策的连续性，充分兼顾地方利益和有利于烟叶产区可持续发展，”国务院做出了“平稳过渡”，以烟叶税来取代原烟叶特产农业税的决定。
