我国加入WTO之后，按照承诺，食糖市场以关税配额的形式逐步对外开放，同时承诺，从1999年起发放160万吨进口食糖关税配额，5年内配额数量每年增加5%.在配额内，进口原糖关税起点为30%，配额外进口关税为76%，每年递减3%，到2004年进口配额增长到194.5万吨，配额内关税降为15%，配额外最惠国税率为50%，其他国家为125%.并同时打破国家对食糖进口的垄断。
我国目前对食糖进口实行配额管理，关税配额内进口的食糖适用关税配额税率，配额外进口的食糖按照《中华人民共和国进出口关税条例》的有关规定执行。食糖进口关税配额分为国营贸易配额和非国营贸易配额。国营贸易配额须通过国营贸易企业进口，非国营贸易配额通过有贸易权的企业进口，有贸易权的最终用户也可以自行进口。进口关税配额和适用税率由商务部分配，商务部授权机构负责受理本地区内食糖进口关税配额的申请。食糖进口关税配额根据申请者的申请数量和以往进口实绩、生产能力、其他相关商业标准或根据先来先领的方式进行分配；分配的最小数量以食糖商业上可行的装运量确定。进口关税配额证自每年1月1日起至当年12月31日有效。
进口配额所确定的数量不是必须要进口的量，而是“准入”即可以进口的数量限额，在此限额内政府不得阻止进口而进口商只能在配额内进口。至于是否利用配额进口则是进口商依当时的国内外食糖差价和关税率等情况做决定，当国内外差价较小，利润空间有限时，进口商可以放弃配额。目前我国进口配额及关税维持在2004年的水平上。这一关税水平远远低于世贸组织135个成员国（地区）97%的平均关税水平。
