财政部财政科学研究所最近对内外资企业所得税合并相关问题开展研究。通过对统计数据进行分析及推算后得出结论：“两法”合并有利于降低内资企业税负和促进内外资企业公平竞争。如果仅考虑税率下调这一因素，内资企业每年税负降低额幅度在千亿元左右；如果考虑现行所得税优惠政策清理和减少的话，每年降低额幅度为几百亿元。与此相对应，外资企业税负将略有增加，内外资企业税负差距将缩小。
关于所得税改革对税收收入的影响，报告指出，在不考虑税收优惠政策调整而仅考虑税率下调的情况下，所得税改革将使税收收入每年约减少963.85亿元～1830.16亿元。在考虑税收优惠政策调整的情况下，所得税改革对税收收入的影响要小一些，具体要看税收优惠调整的力度有多大。如果现行所得税优惠政策清理和减少20%～30%，在名义税率为25%的情况下，税收收入每年约减少931.08亿元～1349.05亿元；在名义税率为28%的情况下，税收收入每年约减少283.97亿元～607.89亿元。
研究报告指出，企业所得税改革对税收收入的影响主要包括两部分：一是税率下调造成的收入减少，二是税收优惠政策的清理规范导致的收入增加。目前，企业所得税改革的具体方案还不得而知，一般预期，新的所得税税率为25%～28%，对税收收入及企业税负的分析测算也是将名义税率假定在这一区间内进行。
关于所得税改革对外国直接投资（FDI）的影响，报告指出，“两法”合并后有利于提高利用外资水平。原因主要是：
第一，税收优惠并非吸引外资的首要因素。影响FDI的因素主要包括市场潜力因素、政局和法律因素、要素禀赋等比较优势因素、一国区域内部的集群因素以及成本和激励因素。其中，前两个因素为决定外资是否投资的两个基本条件。而税收优惠政策对FDI的作用呈不断弱化的趋势。世界银行经济学家威勒和莫迪进行的研究表明，跨国公司在实现一体化扩张的过程中，最关心的因素为基础设施、现有外资状况、工业化程度和市场容量等，而不是税收优惠政策。我国现正处于经济发展的快速时期，加之庞大的消费群体，市场潜力很大。同时，我国目前政局稳定，法制较为健全，投资环境大为改善。尤其是随着越来越多的大公司总部的迁入，我国的产业集群优势日益显现，国外资本和产品大量涌入，外国投资者的关注点已从享受优惠政策转到占有中国市场上来。此时，对税收优惠政策进行调整，总体而言不会改变外资进入中国的决策，但会对优化外资结构产生积极效果，从而提高我国外资的利用水平。
第二，外资能否切实享受到政策优惠取决于国家间的税收协定。外资是否能够切实享受到税收优惠带来的好处，不但取决于税收优惠给予国的税收优惠政策，而且取决于资本输入、输出国之间的税收协定，即资本输出国能否实行税收饶让。目前与我国签订税收协定的80多个国家中，大都未实行税收饶让。这就意味着，跨国投资者并未从我国给予的税收优惠政策中获得经济利益，而是间接地转至资本输出国。从这个角度上来说，调整税收优惠政策基本上不会影响外国投资者向我国投资的决策。
第三，新所得税税制对外资仍具有吸引力。尽管新所得税法尚未出台，但有两点是明确的：一是名义税率从33％降至25％～28％，此税率仍低于OECD国家目前的平均税率，也低于中国周边的一些国家和地区的平均税率。二是对外资企业税收优惠政策的调整是逐步进行的。在过渡期内，外资企业享受的优惠政策与目前差别不大，从而对外资的利益影响甚微。
第四，流转税平稳并轨的启示。1994年，我国对流转税进行内外税制的并轨，取消对外资企业征收的工商统一税，改征与内资企业同样的增值税、消费税，并规定了5年的过渡期。实践证明，流转税的并轨非常平稳，并未影响外资进入我国的基本态势。因此，“两法”合并及优惠政策的调整同样不会对外资总量的进入产生重大影响。
对于“两法”合并对内外资企业税负的具体影响，研究报告指出，所得税改革有利于降低内资企业税负和促进内外资企业公平竞争。从降低内资企业税负来看，如果仅考虑税率下调这一因素，对内资企业来说，每年税负降低额在722.50亿元～1234.52亿元之间；如果考虑现行所得税优惠政策清理和减少的话，每年税负降低405.29亿元～1032.79亿元。
考虑税收优惠政策的清理和减少，如果现行所得税优惠政策减少20%，在名义税率为27%时，外资企业税负略有增加，大体增加33.85亿元～46.92亿元之间；在名义税率为28%的情况下，2006年～2010年，外资企业每年税负增加82.5亿元～114.37亿元。如果将现行所得税优惠政策减少30%的话，在名义税率为25%的情况下，2006年～2010年，外资企业每年将增加税负60.93亿元～83.09亿元；在名义税率为28%的情况下，2006年～2010年，外资企业每年将增加税负220.71亿元～305.97亿元。
