实际上，资源税改革的首要难题还不在行业、企业层面，而是其收入归属问题。
一个未被证实的消息是：改革后，中央将和地方进行资源税税收分成。对此消息，财政部和税务总局均未给出正面回答，不过他们都强调，改革的推出，在指导思想上均会充分考虑地方利益。
资源税属于地方税，目前虽很大程度上成为各级地方政府收费的平台，但税收立法权不在地方，而是由中央统一立法。
业内人士一致认为，资源为全民共有，因其价格上涨而带来的额外收益，大部分应该归国家所有，合理的分配应该是中央和地方都从中有所收益，这样才更利于把这些收益用在全体国民身上。
于此同时，为防止税改过程中导致部门利益的反弹，并且考虑当地治理环境和提供公共物品的需要，应该进行合理分成。但如何制定一个合理的分成比例，做到既重视资源属地利益，又兼顾税制改革，难度不小。
当然也有人担心，一些以资源开采为经济支柱的中西部地区，资源税是当地政府提供更高水平的公共服务、改善环境、开发后续产业的持续资金来源，税收分成，可能对地方财政造成影响。
“即便是分成，中央肯定会充分考虑地方利益，很有可能采取增量分成的方式。”财政部财政科学研究所税收研究室主任孙刚说。在他看来，资源税毕竟是小税种，尽管是中西部地区，地方政府财政收入中资源税的占比也不会很大。更大可能是，改革后采取增量分成，非但不会造成地方税收减少，提高税收标准，还会增加地方财政的收入。
来自广西南丹县的数据支持了孙刚的说法——这个以锑矿和锡矿产业为主，被誉为有色金属之都的西部城市，2005年财政收入为4.3亿元，其中资源税800多万元，占比不到2％。“现在锑矿的价格已经飙升到41000元/吨，如果按照价格来征收资源税，即便是分成，财政收入无疑也会增加。”该县政府一位官员称。
“其实增量分成对地方政府还是存在一定影响，特别是落后地区的地方财政。同样增加一块钱，对地方和中央财政效果还是不一样的，这背后涉及到中央和地方的财权、事权的分配问题，”杨志勇说，“所以一定会存在一个协调的问题。”
