大多数企业（雇主）在扣缴员工个税时都采用含税收入计算，扣除应缴税款后余额支付给员工，但也有少数企业愿意为雇员的个税“埋单”——向雇员支付税后工资，雇员的个人所得税由企业负担。
广州地税有关负责人表示，雇主为雇员负担个人所得税的处理分为两种情况：雇主全额为其雇员负担税款和雇主为其雇员负担部分税款。但不少企业在实际操作计算中对上述两种情况尤其是雇主负担部分税款的处理规定不甚了解，容易造成少缴而需补税。
例如，市地税局第五稽查局在近日检查中发现，某公司员工工薪收入包括工资和奖金、福利两部分，其中公司负担奖金、福利部分的个税，即员工取得的奖金、福利实质是税后收入。该公司在计算个税时，没有按规定把不含税的奖金、福利收入额按该部分收入额占当月全部工薪收入的比例还原计算出应纳税所得额，导致没有足额缴纳个人所得税。经地税稽查部门辅导，该公司调整了个人所得税计税方法，并补缴了少缴的个税。
广州地税提醒，雇主为其雇员负担一定比例（部分）的工资应纳的税款时，应将雇员取得的不含税收入额换算为“未含雇主负担的税款的工资薪金收入额”，同时将速算扣除数和税率分别乘以上述的“负担比例”，换算出应纳税所得额，并计算出应纳税额。公式如下：①应纳税所得额＝（未含雇主负担的税款的工资薪金收入额－免税收入－准予扣除项目金额－准予扣除的捐赠额－不含税级距对应的速算扣除数×负担比例）÷（1－不含税级距对应的适用税率×负担比例）
②应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
注意：不含税级距对应的速算扣除数和不含税级距对应的适用税率，按照（未含雇主负担的税款的工资薪金收入额－免税收入－准予扣除项目金额－准予扣除的捐赠额）在工资、薪金所得使用的税率表中查找确定。
例如：某人月工资、薪金收入人民币12000元，雇主负担其工资、薪金所得30%部分的应纳税款，其当月应纳税款计算如下：应纳税所得额=（12000-1600-375×30%）÷（1-20%×30%）=10944.15 （元）
应纳税额=10944.15×20%-375= 1813.83（元）
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根据《国家税务总局关于雇主为其雇员负担个人所得税税款计征问题的通知》（国税发〔1996〕199号）的规定：
一、雇主全额为其雇员负担税款的处理
对于雇主全额为其雇员负担税款的，直接按国税发〔1994〕089号文件中第十四条规定的公式，将雇员取得的不含税收入换算成应纳税所得额后，计算企业应代为缴纳的个人所得税税款。
二、雇主为其雇员负担部分税款的处理
（一）雇主为其雇员定额负担税款的，应将雇员取得的工资薪金所得换算成应纳税所得额后，计算征收个人所得税。工资薪金收入换算成应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=雇员取得的工资+雇主代雇员负担的税款-费用扣除标准
（二）雇主为其雇员负担一定比例的工资应纳的税款或者负担一定比例的实际应纳税款的，应将国税发[1994]089号文件第十四条规定的不含税收入额计算应纳税所得额的公式中“不含税收入额”替换为“未含雇主负担的税款的收入额”，同时将速算扣除数和税率二项分别乘以上述的“负担比例”，按此调整后的公式，以其未含雇主负担税款的收入额换算成应纳税所得额，并计算应纳税款。
