面对市场的过激反应，国家税务总局似乎压力也不小。1月18日，国税总局网站发表未署名文章《土地增值税并非新开征的税种》中解释：第一，土地增值税不是新税种。第二，增值额在20%以内免征土地增值税。
同一天，全国工商联房地产商会会长聂梅生于新传媒新闻在北京举办的一个中新房地产融资论坛上表示，土地增值税清算管理政策对房地产企业影响不一而同，土地增值税推高房价说法不确切。
在《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（以下简称“通知”）后，18日沪深两市地产股收盘价还依旧全面报跌。
境外投行高盛日前发表报告,指国内向房地产商清算土地增值税，将对该类公司的资产净争值及盈利构成负面影响，但详细的影响层面则仍在研究当中，该行现在检讨在港上？的国内房产股，短期内或将公布目标价及评级的整调幅度。
高盛认为受影响最大的是那些拥有较多土地储备及毛利率较高的房地产发展商，包括富力地产（2777）、绿城中国（3900）、世茂房地产（0813）及雅居乐地产（3383）。对此，房地产上市企业采取了“集体自救”的策略。
1月18日开始，沪深两市包括万科、金地、招商地产、保利地产等在内31家房地产上市企业发布了关于土地增值税影响的公告，其中除上海九龙山股份有限公司公告中称，尚未预提土地增值税外，其他30家房地产上市企业均在公告中称已预提土地增值税，大意为：核心业务为普通住宅开发，此前一直有计提增值税，而在未来项目规划中，已充分考虑了土地增值税的因素，因此通知的执行不会影响2006年既定的利润计划。
而以吉林亚泰为主的一些地方地产股企业则在公告中称，由于各省土地增值税清算细则没有出台，土地增值税政策所带来的影响尚无法预测。
对于土地增值税清算政策，万通集团董事局主席冯仑亦在18日新传媒新闻在北京举办的“中国新加坡房地产融资高峰论坛”上表示，土地增值税清算政策是个“利好”政策，这意味着开发商不能再靠地生财，会促使企业踏踏实实发展。
即便如此，市场对于清算土地增值税政策余悸未消。
1月18日，国税总局突然在其官方网站上挂出名为《土地增值税并非新开征的税种》一篇未署名文章，对“通知”内容做出解释性说明。
国税总局在文章中称，土地增值税并非一个新税种，该税管理条例从1994年1月1日起开始施行。2006年，全国土地增值税收入为231亿元。
土地增值税按纳税人转让房地产取得的收入减除取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本和费用、新建房及配套设施的成本和费用、与转让房地产有关税金等扣除项目后的余额计征。
根据土地增值税条例及其实施细则的规定,对从事房地产开发的纳税人,在计算增值额时,除可扣除有关成本费用外,还可按取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本、新建房及配套设施的成本三项支出之和加计20%的扣除。
建造普通标准住宅出售的，增值额未超过扣除项目金额（包括20%加计扣除部分）20%的，免征土地增值税。
国税总局有关人士表示，16日所发布有关土地增值税清算管理的文件是一个征管文件，目的是进一步梳理土地增值税征收工作。
受新文件内容影响，1月19日，沪深两市地产股开盘即走出反弹势头，截至上午10时，地产股平均涨幅已超过3%.
