按照“高效便捷、区内自由、卡口管理”的设计理念，天津海关制定了东疆保税港区海关监管模式创新方案。即通关集约化——对保税港区进出货物实施各项便捷通关措施；管理信息化——依托电子信息平台，实现海关与企业及相关管理部门信息共享，实现联网管理；区内便利化——区内货物可以自由流转，免予缴纳关税及其他税费；作业无纸化——海关对保税港区与境外之间进出的货物监管最大限度取消纸质单据，实现电子管理；卡口智能化——通过集装箱箱号自动识别系统、车辆自动识别系统等实现对进出卡口货物的自动验放。单票货物通过卡口的时间最快可在十几秒钟内完成。
天津东疆保税港区是集港口、保税区、出口加工区、保税物流园区等优势于一体，享受国家经济贸易优惠政策的海关特殊监管区域。保税港区与传统海关特殊监管区域相比，增加了港口作业功能，实现了真正意义上的区港联动，保税港区还整合了保税区、保税物流园区、出口加工区等海关特殊监管区域的各种功能和享受税收、监管、外汇等各项优惠政策。包括国外货物入港区保税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税等等，是目前我国内地对外开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显的特殊功能区。
国务院批复明确指出，东疆保税港区在享受和上海洋山保税港区同样的优惠政策基础之上，可根据全国综合配套改革试验区建设的相关要求在机制、体制创新等方面先行试验一些重大的改革开放措施。天津海关将按照国务院批复要求，积极探索特殊监管区域管理制度创新，以点带面，推进海关特殊监管区域整合和政策叠加工作。根据东疆港区的功能定位，针对不同区域的货物采取卡口分道、货物分流、区域分设、程序分列的“四分”管理方法，实行“一线放开、二线管住、区内自由、入区退税”的封闭化、信息化、集约化的监管模式，即采取全域封闭化管理，由海关依法对进出保税港区的货物、物品、运输工具和保税港区内的相关场所实行全面监管。
