根据国税总局要求，2008年各地将全面清算土地增值税，并将对土地增值税征管办法进行修订。这既是国家税务部门既定的工作安排，也是具有现实意义的任务。适时修正土地增值税清算办法，有助于完善土地增值税的调控功能。
土地增值税是对转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人所征收的一种税，实行超率累进税率，最高边际税率为60%.2006年12月28日，国家税务总局发布了《关于房企土地增值税清算管理有关问题的通知》（下称《通知》），进一步加强了房地产开发企业土地增值税清算管理工作。
由于该税以土地增值额为计税基础，而房地产的增值额必须在房地产转让以后才能确定，因此，从理论上讲，必须等房地产转让以后才能征税，但由于大量房地产开发企业迟迟不对开发项目进行竣工结算，导致税务机关无法及时征收土地增值税，因此，各地均对房地产开发企业采取预征土地增值税的政策。但由于预征率比较低，房地产开发企业继续通过拖延竣工结算来缓缴土地增值税。
一年多来，应当说，土地增值税的清算工作取得了较大成绩，但也暴露出了一些问题。《通知》的规定在现实执行中被打折和规避的现象并不鲜见。因此，要全面清算土地增值税，很重要的工作就是要对土地增值税征管办法进行修订。
如根据上述《通知》的规定，“已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的”，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算，上述政策规定了具体的比例，房地产开发企业可以有意将转让比例控制在85%以下即可规避清算。另外，上述规定中的“剩余的可售建筑面积已经出租或自用”是指全部出租还是部分出租并未明确，房地产开发企业很容易通过预留一部分房屋的方式来规避上述规定。
《通知》还规定，“房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产”，如果不发生所有权转移，就不视同销售房地产，因此，房地产开发企业完全可以通过不办理产权转让手续，而仅将房地产的实际占有使用权用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，从而就规避了上述“视同销售”的规定。对此，应当按照实质课税原则，将权利发生转移的部分视同销售，而不以整个房地产所有权的转移为条件。
另外，根据《通知》的规定，“房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用”。房地产开发企业通过长期以租代售（如50年租赁）方式转让房地产就可以规避清算，上述规定实际上给企业提供了避税的渠道。对此，应当按照实质课税原则，就没有发生产权转移但实际上已经转移了房地产的占有、使用、收益和处分权的行为征收土地增值税。
应当看到，土地增值税清算工作之所以受到企业的抵制，一个重要原因就是税务机关确定的预征率太低，导致企业预缴的税款与实际应当缴纳的税款之间的差额较大，企业推迟清算的时间就相当于获得了一笔巨额的无息贷款，因此，解决企业抵制土地增值税清算的问题必须从预征率着手。
目前，广州已经决定从2008年1月1日起将普通住宅土地增值税的预征率从0.5%提高到1%，将其他商品房土地增值税预征率从0.7%提高到2%.广州的做法值得借鉴。如果将土地增值税的预征率提高到基本等于甚至略超企业实际应纳土地增值税的水平，相信绝大多数房地产开发企业都不会抵制土地增值税的清算，甚至会积极进行土地增值税的清算。
很多地方土地增值税的预征率都是多年以前制定的，如广州就是2004年制定的，北京目前实行的是2003年制定的1%的预征率。而最近五年正是房地产价格飞涨的时期，房地产开发企业获得的增值额大大增加，如果土地增值税的预征率不随着房地产价格的上涨而作调整，房地产开发企业当然会想方设法推迟清算的时间。因此，土地增值税清算制度的完善必须以预征率的完善为前提。
