由于非关税壁垒不断增加及东非共同体各成员国间贸易政策无法协调一致，东非共同体共同市场草案实施过程中充满阻力。由此，东非共同体私营部门建议将东非共同体秘书处转变为由一国总统领导的自治委员会，通过向该机构授权从而监督草案的实施。如委员会成立，总统要确保共同体决定得以执行，并要对任何破坏条约规定或草案的成员国或个人予以责任追究。
近日，在坦桑尼亚举行的东非商会共同市场促进论坛上，东非商会研究员表示，东非共同体各机构协调出现的问题大大降低了共同体政策制定和实施的有效性。东非共同体于2005年1月签署关税同盟协议，协议规定除部分敏感商品外，取消成员国间关税和非关税壁垒，但个别成员国利用东非共同体秘书处机构松散时机，仍部分保留了壁垒。目前东非共同体立法大会、审判法院和秘书处并没有充分组建，对于提供较高水平的一体化服务还存在问题。
