按照现行所知的燃油税实施方案，所有零售燃油都将以加收燃油税的价格出售，而对农业、城市公交等特殊部门的用油进行补贴。但问题是，这种做法不仅在制定不同部门的补贴标准上难以均衡，也很复杂。海南省在最初实施燃油附加费的时候,对汽柴油均进行征收,但是在开征数月后,由于政府不能有效解决农民用柴油负担增加问题,即恢复对柴油车征收公路养路费,原设计的退费方案因缺乏可操作性而难以实施。
此外，还存在一些问题。比如，军车用油的价格如何确定？能否完全杜绝“军地”混用？使用天然气的车辆是否还征收养路费？如何杜绝燃油走私的现象？
开征燃油税，其出发点是为了公平用车，多跑多出钱，少跑少出钱。但也有人提出，燃油税比养路费公平吗？美国ＡＡＳＨＯ道路实验所的研究表明，路面的破坏几乎完全是由重型车辆造成的，例如,48000磅的车重量是4000磅车的12倍,但是就各自对路面的破坏成本情况看,前者的程度远大于后者12倍,而耗油并非同样如此变化。对不同吨位的车辆按同一税率征收燃油税则产生实质性不公平。
据了解，英国已实行了车辆里程税,即根据车辆的重量、轴数、尾气排放标准等因素制定合理的税率结构,按照车辆的实际行驶里程数,征收道路使用税。在需要征税的车辆上安装一个计费芯片。按照我国目前的科技发展水平，这一点也并不难做到。2001年,瑞士开征了卡车道路使用者税,根据车辆重量和尾气排放标准制定税率结构,按照车辆实际行驶里程数计税；德国在2003年引入了卡车道路使用者税；澳大利亚也在2004年开征了卡车道路使用者税。
重量里程税比燃油税更科学地解决了公路成本的合理摊派问题。俄勒冈、纽约、肯塔基、新墨西哥州等是美国目前征收重量里程税的几个州。美政府已经开始讨论从总体上以重量里程税代替目前以燃油税为主要方式的联邦公路税收体系，以更能体现税负的社会公平性。
既然，我国已经晚于世界上许多国家开征燃油税，何不充分借鉴国际上已经使用的先进做法，更有效、更合理地制定相关政策，制定出一套先进、科学的费改税方案？
