今年4月1日起，国家税务总局在河北、河南、广东、深圳4个试点地区，对海关进口增值税的抵扣管理，将“先抵扣，后比对”改为“先比对，后抵扣”的做法，从源头上堵塞虚开海关进口增值税专用缴款书（即海关完税凭证，以下简称海关缴款书）行为的发生。试点4个月以来，堵漏增收效果初现。其中，深圳市的统计结果显示，试点3个月，深圳市比对异常的海关缴款书共有2648份，涉及税款8.56亿元。这部分海关缴款书不允许申报抵扣，同时不需要管理部门再审核检查。
“先比对，后抵扣”，是指试点地区的增值税一般纳税人，进口货物取得属于增值税扣税范围的海关缴款书，在开具之日起90天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对。比对无误，纳税人在税务机关提供稽核比对结果的当月申报期内申报抵扣。国家税务总局货物和劳务税司有关人士表示，新管理办法实施后，只有比对相符的海关缴款书才被允许抵扣税款，这样可以从根子上杜绝利用虚假海关缴款书抵扣税款行为的发生，可以有效堵住税收漏洞，降低执法风险，保证国家税款不流失和税法的严肃性。
据了解，在制度设计时，税务部门认为应尽量减轻对企业流动资金的影响。按照流程设计，企业当月申报，当月比对并得出结果，次月进行抵扣。但在试点第1个月，由于数据缺失，超过半数的海关缴款书没有对应海关数据，需留待下期继续比对，对试点地区企业影响较大。在外向型经济发展较快的广东、深圳等地，这种情况更加突出。如4月份深圳市纳税人申报稽核海关缴款书26933份，涉及税额30.31亿元；有稽核结果的海关缴款书共10833份，成功比对率仅为40.22%.对企业反映出的问题，国家税务总局及时调整了业务管理流程，在保证税收安全的前提下，把比对截止时间从月底延长到下月初。同时，通过与海关的反复协商，把海关每半月传输数据改为每日传输数据。对有意见的企业，反复做解释和培训工作。通过采取各种措施，试点第2个月，4个试点地区的平均比对相符率提高到95%左右。
国家税务总局有关人士表示，虽然目前只有5%的票据比对不符，但对涉及的企业来说仍会影响到资金流转。进口企业在缴纳进口增值税后，即可向税务机关申报抵扣，而海关缴款信息需要经过银行、国库和海关等多个部门的审核处理后，才能传递到税务机关，两者之间存在时间差。因此，从客观上讲，很难保证100%的比对相符率。剔除掉确实有问题的票据，税务部门将从制度和工作上挖掘潜力，提高效率，尽可能保证真实合法的票据能及时顺利地比对。
近年来我国海关代征进口环节增值税增长迅猛。由于一直实行的都是企业凭海关缴款书先行抵扣税款，税务机关对相关凭证进行事后比对，因而利用虚假海关缴款书骗抵税款的行为时有发生，骗税企业走逃情况普遍，税务部门执法风险也较大。国务院领导曾作出批示，要求税务部门和海关要加大打击利用伪造的海关缴款书骗税的力度，并采取有效措施控制此类犯罪。据国家税务总局最近一次全国清查结果，去年上半年，全国共有8231份海关缴款书属于企业违规抵扣或涉嫌偷骗税，涉及税款8.41亿元。河南省国税局总会计师王建平表示，“先比对，后抵扣”使进口增值税的管理质量和效率有了很大提高，这个办法对堵漏增收效果明显，对有虚开海关缴款书行为的企业起到了非常明显的震慑作用。
对试点过程中出现的一些问题，如比对截止时间延长后，仍有部分纳税人的海关缴款书滞留数量较多，涉及税额较大，影响纳税人正常经营；海关数据很难100%确保及时完整地传送到位，一笔漏传数据就可能影响到一家企业的税款抵扣，目前国家税务总局已与海关总署建立海关缴款书核查工作机制，对无海关对应数据或信息不一致且企业提出核对申请的海关缴款书，由国家税务总局提供给海关总署核实，再把海关反馈结果作为税务处理依据。对于其他一些问题还有待在制度设计和工作实践中解决。
同时，记者在采访时了解到，一些企业进口业务量大，海关票据繁多，录入工作量也大。有关方面建议，可对海关票据采取扫描的方式，这样既可减轻工作量，也可减少数据录入错误。试点期间，试点地区的企业也在适应并逐渐接受新的管理办法。一些企业在逐步转变经营方式，比如改变原来的以保函业务缴纳税款的方式，代之以现金支付，以缩短海关数据传递时间。
