1949年10月1日中华人民共和国诞生，海关主权回到中国人民手中，中国大门的钥匙已经掌握在中国人民自己的手里。新中国成立之初，海关队伍主要由解放区干部、民国时期海关的地下共产党员和工作人员、1949年后培养的青年知识分子3部分组成。如今，在海关总署的统一管理下，全国海关共有46个直属海关单位，568个隶属海关和办事处，通关监管点近4000个。现有关员约5万人。中国海关基本任务是出入境监管、征税、打私、统计，对外承担税收征管、通关监管、保税监管、进出口统计、海关稽查、知识产权海关保护、打击走私、口岸管理等主要职责。
海关税收是中央财政收入的重要来源，是国家宏观调控的工具，也是保护和促进国内产业健康发展的重要屏障。
新中国成立60年来，海关税收从无到有，从小到大，目前已经占中央本级财政收入的四分之一。
建国之初至改革开放前的近30年间，海关税收工作主要职能是“拟订海关税则税率方案及有关海关税则方面的国际条例和协定草案，并解释海关税则，审定完税价格”，征税采用我国自己编制的税则，该税则仅有17类939个号列。
1978年以后，海关税收职能得到充分发挥和迅速扩大，税收数量迅猛增长；商品归类、估价、原产地认定等关税技术与国际惯例全面接轨，队伍建设、业务建设以及法制化进程全面提速。
1979年国务院决定取消了“文化大革命”期间对外贸专业公司进出口货物实施税利合并交库的办法，恢复由海关征收关税。1985年3月，国务院公布实施《中华人民共和国进出口关税条例》，明确《进出口税则》是《关税条例》的组成部分。
30年来，随着全方位、宽领域、多层次对外放开格局的形成，我国对外贸易由世界第22位跃居世界第3位，30年累计征收税款43440亿元，1978年海关税收仅有不到1个亿，但到2008年已经一举突破9000亿大关，达到了9616亿元，仅一年的征税额就比改革开放前20年的总和还要多。
2005年总署党组从战略和全局的高度作出了构筑综合治税大格局的重大决策。全国海关确立“以征管能力为基础，以征管质量为重点，以应收尽收为目标”的海关征管工作新导向，不断引导全国海关把税收征管的工作重心从数量转向质量。
为保障税收征管的科学性，自1991年至2000年海关总署先后成立广州、天津、上海、大连海关化验中心。
