通知称，企业采用报销私家车燃油费等方式向职工发放交通补贴的行为，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。公务费用扣除标准由当地政府制定，如当地政府未制定公务费用扣除标准，按交通补贴全额的30%作为个人收入扣缴个人所得税。
通知还称，企业向职工发放的通讯补贴，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。公务费用扣除标准由当地政府制定，如当地政府未制定公务费用扣除标准，按通讯补贴全额的20%作为个人收入扣缴个人所得税。
针对企业为员工支付各项免税之外的保险金，通知指出，应在企业向保险公司缴付时并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。企业年金的个人所得税，应按企业统一计提年金时所用的具体标准乘以每人每月工资总额计算个人每月应得年金，扣缴个人所得税。
通知还强调，企业为职工缴付的补充医疗保险应扣缴个人所得税。如果企业委托保险公司单独建账，集中管理，未建立个人账户，应按企业统一计提时所用的具体标准乘以每人每月工资总额计算个人每月应得补充医疗保险，全额并入当月工资扣缴个人所得税。
广州市地税局相关人士昨向记者表示，国家税务总局近日发出的《关于2009年度税收自查有关政策问题的函》，是税务部门内部针对特定情况、特殊时期、特别问题予以专门明确的文件，有可能是因为部分税收政策文件执行起来，基层税务机关和企业产生了不同的理解和争议而发。
广州交通补贴一直纳入“个税”
据悉，2007年8月1日广州市地税局就下发了《关于个人通讯补贴收入征收个人所得税问题的通知》(穗地税发[2007]201号)”。通知中明确，个人因通讯制度改革而取得的通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照‘工资、薪金’所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月‘工资、薪金’所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份‘工资、薪金’所得合并后计征个人所得税”。另据透露，广州税务部门对个人获得的由单位发放的交通补贴，一直是按照并入当月“工资、薪金”所得来计征个人所得税。
交通补贴纳入个税计征会不会执行难？有业内专家指出，企业对员工发放的现金到底是交通补贴，概念上很难明确；或者巧立各种名目，将交通补贴无形消化？广州市地税局相关人士表示，执行起来难度不大，不管是将交通补贴列为“加班费补贴”还是别的名目，计征时总之按 照“总工资收入”这一项进行，如果是故意偷税漏税，将按照漏税金额的50%至3倍重罚。
记者还了解到，目前广州并未进行公务用车制度改革，故并未执行《国家税务总局关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》，而是按照个人所得税法的有关规定，对个人从单位获得的交通补贴，均并入当月“工资、薪金”所得计征个税。
