许多私募股权投资基金的管理人在募集资金的时候，出资人都会提出这样一个问题：你搞的这个基金是公司制还是合伙制？如果是合伙制，那么是普通合伙还是有限合伙？这个问题不仅出资人关心，基金管理人更关心。因为基金的不同组织形式不仅关系到资金的使用效率，还关系到适用不同的税收政策，从而直接影响出资人、基金管理人的投资收益。
私募股权基金的组织形式有公司制和合伙制两种，合伙制中又有普通合伙和有限合伙两种。《合伙企业法》修订前，我国大部分私募股权投资基金都采取公司制形式。虽然从法律层面讲，公司制的私募股权投资基金出资人只承担有限责任，可以有效的保护出资人的合法权益，但是在基金公司实际运作中存在一些不尽如人意的地方。
根据《公司法》规定，公司全体股东的首次出资额不得低于注册资本的20%，其余部分股东必须自公司成立之日起两年内缴足，其中投资公司可以在5年内缴足。这样一来，如果基金公司设立的前期没有找到合适的项目，大量的开户资金将只能存在开户银行，造成资金的闲置，降低了资金使用率。其次，从税收角度来看，由于我国所得税分为企业所得税和个人所得税，所以公司制的私募股权投资基金需就其自身经营所得先缴纳25%的企业所得税，之后分配给自然人投资者的股息再缴纳20%的个人所得税。所以，自然人投资者不喜欢公司制私募股权投资基金。
2007年《合伙企业法》修订实施后，合伙企业中的合伙人被分为两类：普通合伙人和有限合伙人，普通合伙人依法对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人依法对合伙企业债务以其认缴的出资额为限承担有限责任。实践中，一种结合资本与智力的有限合伙制私募基金应运而生———即拥有财力但不参与经营管理者作为有限合伙人投入99%的资金，拥有专业知识和技能者作为普通合伙人只投入1%的资金，二者共同组成以有限合伙为组织形式的投资机构。这种有限合伙制私募股权基金较好地避免了公司制私募股权基金的上述不利之处。
比如，有限合伙制私募股权投资基金在决定投资企业后，投资人可以有一个拨付资金的时限，在此时限内，投资者向基金拨付资金，再由基金向企业进行投资。这样可以有效避免公司制私募股权投资基金资金闲置的问题。另外，根据规定有限合伙人虽然投入99%的资金，但只能分得80%左右的利润，基金管理人作为普通合伙人虽然只投入1%的资金，但能分得20%左右的利润，有限合伙制私募股权投资基金的激励机制明显比较强。
再如，从税收角度来看，《合伙企业法》第六条规定，合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。财税[2008]159号文件规定，合伙企业生产经营所得和其他所得（包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得）采取“先分后税”的原则，且合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。这就避免了公司制私募股权投资出现的重复征税问题。
鉴于上述原因，2007年以后成立的私募股权基金大多采取了有限合伙的形式。应该说，有限合伙制的私募股权基金税负较低是众多投资人选择这种形式的主要原因。但是，《合伙企业法》修订后，税收法规只跟进出台了财税[2008]159号文件，许多具体问题仍需出台相关政策加以明确。
第一，法人合伙人投资收益是否免税？根据《企业所得税法》第二十六条规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。那么，作为有限合伙企业的合伙人的法人投资者，其从被投资的居民企业分回的股息收入可作为免税收入吗？目前并无定论。
第二，有限合伙企业合伙人生产经营所得适用税率如何确定？财税[2008]159号文件只规定合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。并没有明确自然人作为有限合伙人或普通合伙人在适用税率上有无差异。导致各地方制定了不同的规定，如北京、上海、天津三地目前针对这一问题的规定就不一致。
第三，普通合伙人工资纳税的问题。作为基金管理者的普通合伙人每年可从基金中取得2%左右的管理费用于日常开支，包括租金、办公设施花销、差旅费、以及管理人员在投资期的工资等。这些支出可以列为有限合伙企业的经营成本。不过，根据财税[2008]65号文件的规定，合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年（2000元/月），超过部分要调增应纳税所得并入企业生产经营所得，然后将生产经营所得按“先分后税”原则，各合伙人分别纳税。这就出现一个问题，工资所得本应由普通合伙人纳税，现在却将部分所得转嫁到了有限合伙人和法人合伙人身上。
第四，证券开户引起的税收问题。2009年底证监会修订后的《证券登记结算管理办法》规定，中国合伙企业可以开立证券账户，也就是合伙企业可以自己的名义在股票市场上进行交易。根据财税字[1998]61号文件规定从1997年1月1日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税；财税[2005]102号文件规定对个人投资者从上市公司取得的股息红利所得，暂减按50%计入个人应纳税所得额，依照现行税法规定计征个人所得税。那么，作为合伙人的自然人投资者可否享受上述优惠？目前并无相关政策进行明确。
