近日，国家税务总局接试行海关进口增值税专用缴款书（下称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的一些地区反映，部分纳税人因政策理解有误或系统操作不当，影响了税款抵扣。经研究，为保障海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的顺利试行，国家税务总局发布《国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的通知》（国税函[2011]196号），明确了有关问题。
通知要求，对稽核结果相符但未按期申报抵扣的海关缴款书，纳税人应于2011年6月纳税申报期结束前，持《海关缴款书稽核结果通知书》向主管税务机关申报。经主管税务机关核对后，允许纳税人申报抵扣增值税进项税额，逾期不予抵扣。
对稽核结果异常但未按期申请数据修改、核对的海关缴款书，纳税人应于2011年5月20日前向主管税务机关申请数据修改或者核对。试点地区省国税机关应于5月25日前将纳税人逾期申请修改、核对数据报税务总局再次稽核比对。对再次稽核比对结果相符的海关缴款书，税务机关书面通知纳税人申报抵扣；对再次稽核比对结果异常的海关缴款书，由主管税务机关按照相关规定组织审核检查，经核查海关缴款书票面信息与纳税人真实进口货物业务一致的，书面通知纳税人申报抵扣。
自2011年6月起，对稽核结果为不符、缺联、重号的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的90日内向税务机关申请数据修改或者核对，逾期未申请数据修改、核对的不予抵扣进项税额。
试点地区税务机关应切实加强对纳税人的税收政策宣传和纳税辅导，使纳税人及时掌握海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法，了解进项税额抵扣时限等有关规定，按时办理纳税申报。
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