为深入贯彻落实党的十七届五中全会精神，根据《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》和《全国农业和农村经济发展第十二个五年规划》精神，结合乡镇企业发展实际，农业部11月2日公布《全国乡镇企业发展“十二五”规划》，明确“十二五”期间，要加大对乡镇企业的财税政策扶持力度。
规划指出，积极协调税务部门，落实、出台税收优惠政策；鼓励乡镇企业发展农产品加工，进一步扩大农产品初加工范围，落实所得税优惠；减轻税赋，统一农产品加工增值税进销项税率，将农产品精深加工增值税进项税率提高到17%；
乡镇企业所得税优惠政策
在《企业所得税暂行条例》时代，财政部于1994年曾经下发《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税字[1994]1号），文件规定“乡镇企业可按应缴税款减征10％，用于补助社会性开支的费用。不再执行税前提取10％的办法。”2008年实施的《企业所得税法》及其实施细则取消了这一针对乡镇企业的优惠政策。
农产品初加工享受企业所得税优惠
2008年开始执行的《企业所得税法》规定“从事农、林、牧、渔业项目的所得”可“免征、减征企业所得税”。《企业所得税法实施细则》细化上述规定，对“农、林、牧、渔业项目”做了具体界定，将“灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目”列入享受企业所得税税收优惠的范围。2008年财政部和国家税务总局联合下发《关于发布享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围（试行）的通知》（财税[2008]149号），对农产品初加工范围做出了明细界定。
农业深加工增值税政策存在问题
目前，我国农产品深加工企业是比照一般企业的增值税税率17%执行，但是农产品深加工企业从农产品初加工企业购入原材料，可以抵扣的进项税税率是13%.这是因为政府对农产品初加工企业实行增值税优惠政策，农产品初加工企业销售货物适用13%的优惠税率。对于农产品深加工企业来说，由于取得的进项税适用税率是13%，而自己对外销售货物却要按17%缴纳增值税，这4%的税率差额就不得不由农产品深加工企业自己承担，也就是说，深加工企业增值税的实际税率高于一般企业17%的税率。
例如，某烧鸡制作企业1只烧鸡的对外销售价格是40元，其从某农产品初加工企业购买一只白条鸡（农产品初加工产品）作为原材料是25元，则：
某烧鸡制作企业销项税=40元X17%=6.8元
某烧鸡制作企业进项税=25元X13%=3.25元
某烧鸡制作企业应缴纳增值税=6.8-3.25=3.55元
如果，农产品深加工企业从农产品初加工企业购入原材料，可以抵扣的进项税税率是17%，则：
某烧鸡制作企业销项税=40元X17%=6.8元
某烧鸡制作企业进项税=25元X17=425元
某烧鸡制作企业应缴纳增值税=6.8-4.25=2.55元
相比之下，农产品深加工企业多缴纳1元增值税，如果这是一个年加工烧鸡1000万只的中等企业，一年就多缴税1000万元。
难以解决的问题是，如果农产品深加工企业采购原材料抵扣增值税税率是17%的话，那就意味着农产品初加工企业必须按17%缴纳增值税，这无疑增加了农产品初加工企业的税负。
值得注意的是，据2011年7月的《上海证券报》报道，国家税务总局近日下发的《关于部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除管理办法的公告》（征求意见稿）中，国税总局明确，将在液体乳及乳制品制造和食用植物油加工行业率先试点进项税额核定扣除办法，同时将农产品进项税额扣除率由现行的13%修改为纳税人再销售时货物的适用税率，即纳税人销售的货物适用13%税率的，则扣除率为13%，纳税人销售的货物适用17%税率的，则扣除率为17%，此举将大大减轻农产品加工企业的增值税负担。
如果这一政策能够执行，农产品初加工企业就可以按17%计算缴纳增值税了，那么农产品深加工企业就可以取得的17%的进项税了。
