征管信息化建设为税源专业化改革后的“信息管税”工作提供了强有力的支撑，但是由于前期税务系统的信息化建设大多缺乏统筹规划，造成了各种不同应用系统的盲目引进，而大多数应用系统缺乏标准化的数据接口，不同的应用系统之间无法实现有效连接而成为彼此隔离的信息孤岛，信息的采集成本和利用效益严重不成比例，以至出现信息化建设的“五多五低”情况：即应用系统多，一体化程度较低；数据信息多，集中共享程度低；业务口径多，采集的数据质量低；日常业务应用多，综合利用程度低；装备数量多，系统安全性能低。为此，如何进行信息化统筹已成为税务信息化建设的当务之急。
具体说来，税务机关要尽快制定税收征管信息化建设的总体方案，制定科学完善的信息管理制度，彻底改变目前税收征管系统混乱、互不兼容、各自为政的局面。
首先，要充分发挥目前已开发出的信息管理系统的作用，建立并完善金税工程，将金税工程的覆盖面扩大到包含国税、地税的整个税务系统，使所有纳税人都纳入金税工程管理中。同时，深入挖掘CTAIS系统的辅助决策功能，集中力量解决目前各种应用系统建设中存在的技术与非技术问题。在此基础上，加强三个系统的建设：一是加强信息的综合利用和分析，建立起功能齐备、协调高效、信息共享、监控严密、安全稳定的税务信息系统，充分利用采集、整理的数据资料，向决策层提供有价值的信息。二是纳税服务网络建设，充分利用计算机技术、通讯技术及网络技术，为纳税人及相关部门提供更加方便、快捷、准确、不受时间及地域限制的各种涉税服务，包括网上办理税务登记、电子申报缴纳、网上咨询服务、网上举报投诉等。三是社会协税信息网络建设，实现工商、财政、海关、银行、审计、外汇管理等部门的横向联网，建设一个先进、可靠的部门间信息交换系统。
其次，要拓展数据采集渠道，及时、完整、准确地采集纳税人申报信息和第三方信息。做好企业集团经营、税收信息的常规性采集工作；逐步推广网络发票，最大限度采集发票信息；做好跨地区经营汇总纳税企业信息交换工作；完善国际税收情报交换机制。
第三，要严格数据录入审核，加强数据整理、存储、交换、校验等方面管理，提高数据管理质量。提高税务档案管理的电子化水平。运用数据分析应用等系统，加强申报信息和第三方信息的分析比对；综合运用税收弹性分析、税负分析、税收关联分析等方法，深入开展经济税源分析、政策效应分析、管理风险分析和预测预警分析。
