目前我国小微企业利润微薄，国家税制结构不合理，征收方式难以灵活调整，遵从成本高，小微企业经营环境恶劣。
在调研中，我们了解到，小微企业的实际税负已超过30%，甚至已经占到了利润的一半以上。
应完善税制结构，取消不合理收费，减少行政干预，让税费减负政策真正惠及小企业。
我国小微企业众多，据统计全国目前有小微企业1000万户，占企业户数的99%，小微企业在促进经济增长、社会就业、科技创新、稳定社会等方面具有不可替代的作用。如何支持小微企业健康稳定发展，合理降低税费负担是关键工作。
目前已出台的降低“小微企业”税费负担的政策措施主要包括：提高增值税和营业税起征点；将小型微型企业减半征收企业所得税政策延长至2015年底并扩大范围；对小型微型企业3年内免征部分管理类、登记类和证照类行政事业性收费。这些措施将直接降低企业的税费负担，对扶持“小微企业”发展具有重要意义。
但目前我国小微企业利润微薄，国家税制结构不合理，征收方式难以灵活调整，遵从成本高，小微企业经营环境恶劣。我国现行税费体系下，小微企业税费负担主要由以下几个部分组成：一是税收，如增值税、营业税、消费税、企业所得税、城建税等；二是对全部或部分行业无偿征收的收费或基金项目，如教育费附加、残疾人就业保障金等；三是由企业承担的各项社会保险基金，主要包括养老、医疗、失业、工伤、生育、住房公积金等；四是行政事业性收费，包括政府部门或政府部门委托的部门收取的管理类、登记类和证照类的各种收费。此外还有各种“隐性费用”：有关部门提供有偿服务收取的费用，比如集贸市场收的卫生费，这类收费有些定价不合理，但还不能不交；一些执法部门为了创收进行的罚款和摊派；一些执法部门吃拿卡要等腐败成本；为应对名目繁多的检查而付出的人员、时间成本等，即遵从成本。
在调研中，我们了解到，小微企业的实际税负已超过30%，甚至已经占到了利润的一半以上。而大企业多处于煤水电、“铁公基”等垄断行业，利润相对丰厚，而小微企业多处于竞争性领域，利润较为微薄。同样的税费占各自利润的比例，大企业要明显低于小微企业。再加上我国税制结构不合理，增值税、营业税等流转税占税收比重超过60%.流转税不像所得税，由于对企业所得征税，能做到“挣的少交的也少”，流转税对商品、劳务的销售额和营业收入征税，往往是“挣的少交的不少”，这样一来，会导致小企业与大企业相比，利润少，交税却不少，进一步加剧了其税负。
为减轻小微企业税费负担，应完善税制结构，取消不合理收费，减少行政干预，让税费减负政策真正惠及小企业。还应该从以下几个方面着手：
第一，所得税方面。一是借鉴日本的做法将目前按利润多少来确定企业所得税税率的做法改为按企业的规模（资本金）确定税率。二是鼓励小微企业加大科研力度方面。借鉴美国的做法，如果小微企业课税年度的科研投入超过过去3年的平均水平，超过部分的50%可以从应纳税额中扣除。三是支持高新技术企业发展方面。取消以是否设在高新区为标准来决定是否给子税收优惠的鼓励高新技术企业发展的所得税优惠政策，改为仅以是否符合高新技术产业标准为标准的税收优惠政策。四是提高折旧率。可允许小微企业采用加速折旧的方法对固定资产计提折旧。
第二，加大流转税的税收优惠力度。增值税方面：一是改变一般纳税人与小规模纳税人的认定标准，企业不分大小，只要财务制度健全，会计资料齐备，有固定的经营场所，都应享受一般纳税人待遇，而对不具备一般纳税人资格的小微企业，在一定条件下，可以按征收率征税，按法定税率开票。这样可以减小不能开具增值税专用发票而对小微企业正常的生产和销售所带来的消极影响。二是降低小规模纳税人的征收率。据测算，我国一般纳税人中的工业企业的增值税税负水平在4%左右，商业企业在2%左右。因此从公平的角度而言，工业小规模纳税人的征收率不应超过4%，商业小规模纳税人的征收率应在2%左右。三是对于一般纳税人中的高科技型小微企业和西部地区的小微企业，可以考虑率先实行“消费型增值税”。
第三，加快“费改税”步伐，清理对小微企业的各种收费项目，减轻企业负担。收费项目多而杂是我国小微企业负担重的一个重要原因。建议对各项收费该取消的取消，可以改为税的尽快开征相应的税种，其余的合并成一种费，由税务部门或工商部门负责征收，这样可以增加收费的透明度，便于小微企业抵制各种不合理收费，从而减轻企业负担。
第四，改善小微企业经营环境，降低遵从成本。政府有关部门应减少对小微企业的行政干预，避免增加其隐性负担。对于实行核定征收方式的小微企业，可以考虑核定其销售收入的某一比例覆盖所有税费，并由一个税务机关统一征收。比如，规定小微企业所有要交的税费就是销售收入的5%，超出这个范围的可以不交，类似减轻农民负担的“明白纸”。
第五，还应合理设计税费优惠政策，真正惠及最大多数的小微企业。比如，在上海部分行业试点将征收营业税改为征收增值税，增加最低为6%的税率，与原先5%的营业税相比，看似能减轻小微企业税负，但在实际运作中，小微企业的各种零星购买多无法取得增值税进项发票，不能抵扣成本，增值税率又比营业税率高1个百分点，没准一些企业还会因此而增加税负。
第六，简化纳税程序，优化税收服务。小微企业往往缺乏处理复杂会计报表的专业技术人员，而目前我国的增值税和所得税两个税种不分企业规模大小，都按同一纳税期限、纳税程序进行管理，无形中增加了规模小、账簿不规范的小微企业报税、缴税的成本和难度。如果按企业的经营规模、就业人数等方面对小微企业设定一定的标准，对于符合标准的小微企业采取按半年或一年缴纳的方式，不但可简化这些企业的纳税手续，也有利于他们的经营发展。
第七，要建立专门为小微企业服务的社会化税收服务机构。随着我国税收法律体系的不断完善，税收执法更加规范和严密。单一部《税收征管法》都有许多办法来解释，再加上有关具体法律法规以及若干规范性文件，特别是近年来，国家为支持小微企业发展，先后下发了一系列税收、减免费用优惠政策。建立专门为小微企业服务的社会化税收服务机构能够帮助小微企业正确选择投资领域和核算方式，充分享受税法规定的各项税收优惠政策，防范和化解涉税风险，最大限度地维护小微企业的合法权益，降低和节约纳税成本。
