2013年2月，财政部、国家税务总局连续出台了财税(2013)13号(关于研发费用加计扣除范围)、财税(2013)14号(关于职工教育经费税前扣除)、财税(2013)15号(关于相关技术人员股权奖励个人所得税)等三个鼓励科技研发的税收优惠政策。笔者仔细研究了这三个文件，发现主要有以下变化。
首先是税收优惠政策的适用地区范围不同。这三个新出台的税收优惠政策只在国内明文规定的四个地区试点，而不是全国性的税收政策。这四个试点地区是：北京市的中关村、湖北省的东湖、上海市的张江等三个国家自主创新示范区，安徽省的合芜蚌自主创新综合试验区。
其次，在这四个试点地区，研发费加计扣除的具体内容有一定的变化。
1.非试点地区(是指国内除本文中的四个试点地区以外的其他地区，下同)只允许直接从事研发工作的人员的工资薪金、奖金和补贴可以加计扣除，而注册在试点地区内、实行查账征收、经试点地区省级高新技术企业认定管理机构认定的高新技术企业，其加计扣除范围还包括为这些直接从事研发工作的人员缴纳的五险一金。对于用工成本日益高涨的企业而言，这无疑是条极受企业欢迎的税收优惠政策。
2.非试点地区专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费可加计扣除，而试点地区除此以外，研发用仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用也列入可加计扣除范围。不但企业用于研发仪器设备的折旧或租赁费用能够加计扣除，研发过程中的使用费也能加计扣除，这大大鼓励了企业不但要购买研发设备，还要多用于研发。
3.非试点地区对于专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费可加计扣除，但对于模具和工艺设备是属于固定资产还是低值易耗品没有规定。而试点地区则规定专门用于中间试验和产品试制的不构成固定资产的模具、工艺装备开发及制造费和不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费均可加计扣除，这一条全国适用的加计扣除政策的区别在于，新政策把构成固定资产的研发设备统一放在仪器、设备那一条，本条专门用来规范不构成固定资产的低值易耗品或备品、备件、样品、样机和一般测试手段购置费。研发资产标准划分更清晰，同时比非试点地区增加了不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费的加计扣除范围，将税收鼓励往研发流程的更深处延伸。
4.试点地区的高新技术企业在新药研制过程中的临床试验费也能加计扣除了，这一点还未在全国范围内实行，很多制药公司的学生来信咨询：什么时候这个政策能像营改增试点一样扩围到全国？
5.试点地区高新技术企业研发成果的论证、鉴定、评审、验收费用均可加计扣除，而非试点地区研发成果的鉴定费用被排除在加计扣除范围以外。
除了研发费用加计扣除的范围扩大了，试点地区高新技术企业发生的职工教育经费支出，可在该企业本年度员工工资薪金总额8%以内在企业所得税前扣除。除了软件企业等一部分国家特别鼓励的企业之外，绝大多数企业发生的职工教育经费只能在该企业本年度员工工资薪金总额2.5%以内在企业所得税前扣除。其超过2倍的差距，代表的就是鼓励的力度。
增加了试点地区高新技术企业研发费用加计扣除的内容，提高了企业发生的职工教育经费的企业所得税扣除比例，同时为了鼓励相关技术人员，还出台了关于股权奖励的个人所得税优惠政策。
对试点地区内的高新技术企业将其科技转化成果，在2012年1月1日至2014年12月31日期间经有关部门批准，以股份或出资比例等股权形式给予本企业相关技术人员的奖励，技术人员一次性缴纳税款有困难的，经主管税务机关审核，可分期缴纳个人所得税，但最长不得超过5年。技术人员获得的股权奖励，虽然按照税法的规定需要缴纳个人所得税，但由于股权是实物，技术人员缺乏必要的缴税资金，因此将本来一次性就要缴纳的个人所得税，经批准，可以分摊到不超过5年的时间里去分期去缴纳，极大的减轻了技术人员的税金缴纳的压力。
对技术人员股权奖励的价格参照其获得股权时的公平市场价格确定，并按照现行有关政策规定计算征收个人所得税。技术人员获得股权后再转让的，对转让收入高于获得时的公平市场价格的增值部分，按照“财产转让所得”适用的规定计算缴纳个人所得税。
