国家税务总局和海关总署近日发布2013年第31号公告，即《关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》，决定将前期在广东等地试行的海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法，在全国范围推广实行。主要内容是：自7月1日起，增值税一般纳税人(以下简称纳税人)进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
据国家税务总局相关人士透露，制定该公告的背景是：自2004年起实行的海关进口增值税专用缴款书“先抵扣后比对”管理办法，有力打击了利用虚假海关缴款书骗抵税款的违法活动。但近年来，不法分子利用海关缴款书“先抵扣后比对”管理的时间差，使用虚假海关缴款书骗抵税款的案件时有发生。为堵塞税收管理漏洞，国家税务总局与海关总署自2009年4月起在河北、河南、广东、深圳等四省市试行了海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法。试点以来，成效明显。
国家税务总局相关人士在解读上述公告时强调了以下几点：
关于海关缴款书的抵扣期限规定。纳税人进口货物取得的属于增值税抵扣范围的缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(电子数据)申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。
关于海关缴款书稽核比对的流程和稽核比对结果分类。税务机关通过稽核系统将纳税人申请稽核的海关缴款书数据，按日与进口增值税入库数据进行稽核比对，每个月为一个稽核期。海关缴款书开具当月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。海关缴款书开具次月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月及次月。海关缴款书开具次月以后申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月。
稽核比对结果分为相符、不符、滞留、缺联、重号五种。相符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，并且比对的相关数据也均相同。不符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，但比对的相关数据有一项或多项不同。滞留，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期内系统中暂无相对应的海关已核销海关缴款书号码，留待下期继续比对。缺联，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期结束时系统中仍无相对应的海关已核销海关缴款书号码。重号，是指两个或两个以上的纳税人申请稽核同一份海关缴款书，并且比对的相关数据与海关已核销海关缴款书数据相同。
关于稽核比对结果异常的处理。稽核比对结果异常，是指稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留。对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对;不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关组织核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣;对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关会同海关组织核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣;对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
国家税务总局相关人士强调，该公告发布实施后，增值税纳税申报表及税务机关“一窗式”比对项目也相应调整，即自2013年7月1日起，纳税人已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额填入《增值税纳税申报表》(一般纳税人适用)附表二“待抵扣进项税额”中的“海关进口增值税专用缴款书”栏。
