南通经济技术开发区积极发展新兴产业，通过自主创新、高位嫁接、直接引进等途径，形成了现代装备制造业、新材料、新医药、新能源及精细化工、新型纺织面料等支柱产业，全区已有产值超亿元企业89家，超10亿元企业8家。目标要打造一批百亿级大产业，将催生一批新材料、新能源、生物医药、环保、软件和服务外包等新兴产业。

　　在新材料产业方面，重点发展非金属功能性材料、新型电子信息材料、新型合成纤维材料、新型包装材料、医用材料和膜技术材料。在新能源产业方面，推广利用太阳能、风能等新能源，重点推进航天万源安能讯项目建设，形成年产400台1500KW风力发电机组的能力。在新医药产业方面，重点发展赖氨酸、核苷酸、饲料蛋白等生物工程项目，力争在原料药、新剂型、现代中药（生物药、动物药）和制药业外包方面取得突破。在电子信息产业方面，重点发展新型电子元器件、微电子、光通信、光电子产品，以及为IT产业配套具有较高技术含量的模具开发、电子材料产品。在机械设备制造业方面，重点发展船用机械、港口机械及其零部件加工生产企业，形成优势产品群。在精细化学工业产业方面，重点突破和发展高效低毒新型农药，新型合成材料和功能性高分子材料，造纸化学品和食品添加剂等精细与专用化学品。