一是建立制度化长效管理机制。制定《财政专项资金结余管理暂行办法》和《部门专项资金结余管理暂行办法》，明确专项资金清理的指导思想和原则、资金范围、管理办法、具体措施及工作步骤等，使结余资金清理常态化。

　　二是建立预算与决算联动机制。在上级补助项目使用情况的考核条款中，结余情况与本级财政配套资金或该单位其他项目资金相挂钩，上级补助项目实施进度缓慢或结余比例高的，减少配套资金，少安排、甚至不安排其他项目资金。针对未发生支出项目数量较多的情况，实施项目资金预算指标、用款计划和实际支出情况的联动预警、考核措施。

　　三是建立结余分配管理机制。按财政管理体制的不同，财政部门对所拨付的专项资金区别对待，对专项资金的管理一般有节余上缴、节余留用、节余滚存下年使用等方式，从制度上建立一套统一明确的管理制度，强化对专项资金的日常监督和管理。