按照“积极稳妥、循序渐进、确保规范”的改革思路，乌鲁木齐有序推进市本级财政国库集中支付改革，2005年选择10个预算单位进行了改革试点；2006年依托支付软件系统对55个一级预算单位实行了改革；2007年扩大到39个二级预算单位；2008年，市本级单位的预算内、外资金全部通过支付系统进行管理；2009年对市本级62个预算单位实行财政国库集中支付改革；2010年加快了改革进程，对市本级87个单位实行改革；2011年，结合预算外资金纳入预算管理的要求以及预算单位性质调整，对市本级新增的21个预算单位实行了国库集中支付改革。截止目前，乌鲁木齐市本级对统发工资、津贴补贴、政府采购、车辆定点加油、车辆定点保险、工会经费、基本建设支出、科技三项费、小额维修支出等专项资金均实行了财政直接支付；从改革成本及资金量的角度考虑，对部分差额单位和自收自支单位的经费也实行了直接支付。目前，市本级316个预算单位全部完成了国库集中支付改革任务。