一是施工合同在签订补充协议时，不能对工程结算方式进行大的修改。对于招投标工程，依据《建设工程工程量清单计价规范》签订施工合同时，实行招投标的工程，合同约定不得违背招、投标文件中关于工期、造价、质量等方面的实质性内容。招标文件与中标人投标文件不一致的地方，以投标文件为准。

　　二是具体施工合同，招标文件与投标文件都应明确取费标准。具体的施工合同，以清单报价为标准，不再以“取费按现行国家、省、市政策性文件执行”包含一切，施工方极可能借此推翻投标时的优惠与让利，在工程结算时抬高工程造价。

　　三是明确合同价款支付依据。在签订施工合同时，必须明确合同价款的支付要依据《假设工程工程量清单计价规范》执行，暂定价不能作为合同价款，更不能按此支付工程进度款。

　　四是采用固定价格要明确包干价种类并约定清楚风险范围。施工合同签订时，如采用固定价格，则明确包干价的种类。例如：是总价包干、单价包干还是部分总价包干，以免履约过程中发生争议，同时，把风险费用的计算方法约定清楚。