一是处理好农业综合开发项目立项与区域经济发展规划的关系。在农业综合开发项目选择上，要切实加强与主体功能区规划、经济社会发展规划，特别是工业开发区设置、重点区域发展战略、村镇建设布局、千亿斤粮食生产能力规划等的衔接。

　　二是处理好争取中央财政支持与增加地方投入的关系。既要适应中央政策的调整变化，努力争取中央财政支持又要积极调整支出结构，足额落实农业综合开发配套资金。

　　三是处理好资金项目管理主体与工程实施主体的关系。要明确职能、厘清责任，把职责范围限定在资金保障、项目监管和服务上，农发办是资金项目监管的主体，而项目具体组织实施的责任主体（项目法人），则应由县乡政府、农业产业化龙头企业、农民专业合作社、农业综合开发项目工程建设指挥部来承担。

　　四是处理好农业综合开发与其他涉农工作的关系。农发部门要加强与各涉农部门的协调配合，积极探索建立市场经济条件下多部门联合参与农业综合开发的有效形式和机制，拓宽联系渠道，努力形成工作合力。