问题内容：新办物流企业由于资源与地方规定自开票有差距，代开发票由主管地方税务机关按发票金额3.3预征所得税，国税规定我们实行查账征收、需要按季按25%税率征收所得税、并当期不得抵减开具发票时已向地税机关已预交3.3的所得税、有法律依据吗？我们认为向国税机关申报所得税时应当将向地税机关预交的3.3%所得税作为国税申报时的已经预交数进行抵减、年终进行汇算清缴才符合税法的立法原则，请问相关法律依据级规定。
回复意见：根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]第088号）文件的规定：四、关于货运发票开具问题（一）按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。
因此，贵公司代开发票时预征的所得税在年终时进行清算。
上述回复仅供参考。有关具体办理程序方面的事宜请直接向您的主管或所在地税务机关咨询。