鉴证目的差异
涉税鉴证是指在税收的征收缴纳过程中，税务师事务所接受委托，对有关纳税事项，运用税收应用技术进行鉴别和判断，出具鉴证报告并发表鉴证意见，为证实有关纳税事项具有真实性、合法性、合理性，提供证明的业务活动。
《中国注册会计师鉴证业务基本准则》（财会〔2006〕4号）第五条规定，鉴证业务是指注册会计师对鉴证对象信息提出结论，以增强除责任方之外的预期使用者对鉴证对象信息信任程度的业务。
对比两个概念不难看出，涉税鉴证的目的，是为证实有关征收缴纳事项具有真实性、合法性、合理性提供证明，至于是否增强了使用者的信任，不是涉税鉴证追求的目标；而注册会计师鉴证的目的，是增强除责任方之外的预期使用者对鉴证对象信息信任程度。目的的差异，决定了目标和范围也存在差异。
鉴证目标差异
注册税务师鉴证业务和注册会计师鉴证业务的总目标，在文字表述上都包括真实性、合法性、合理性三方面内容，但是它们词同义不同，内涵上是有差异的。
真实性
注册会计师鉴证业务准则强调的是客观真实性，而注册税务师鉴证业务准则强调的是法律真实性或形式真实性。这个差异是税收制度与会计制度关于真实性的差异所决定的。
比如，在土地增值税清算鉴证业务当中，对于收入事项，真实性是指已经符合税法规定的确认条件，就应当予以确认，除会计已经确认收入的事项外，还包括视同销售收入和税法上规定的收入事项。对扣除项目事项，真实性是指除税法规定的20%加计扣除、房地产开发费用5%或10%计算扣除、旧房评估价格外任何开发费用，除非确属已经真实发生，否则申报扣除就可能被认定为偷税行为。
纳税人申报扣除的任何费用必须能够提供证明确属已经实际发生的“足够”、“适当”的凭据，足够和适当要根据实际情况来判定。这里的真实性强调的是法律的真实性，而不是客观的真实性。在纳税鉴证活动中，法律的真实性是指鉴证人依照鉴证程序，依据鉴证准则和法定的鉴证标准，对纳税人提供的有关资料，运用税收应用技术进行鉴别和判断加以确认的，同样是经过程序操作而形成的真实。
合法性
注册会计师鉴证业务准则强调合法性，是指符合会计法规；而注册税务师鉴证业务准则强调的是符合税收法规。
比如，土地增值税清算业务的合法性，是指确认收入和房地产扣除项目，必须符合税法规定的条件，并符合税法规定的程序。不管房地产扣除项目是否实际发生、合理与否，如果是非法支出，不符合税法的有关规定，即使按财务会计法规或制度规定可以作为开发成本费用的，也不能作为土地增值税扣除项目。
合理性
注册会计师鉴证业务准则强调合理性，是指实质的合理性，符合一般的经营常规和符合财务会计惯例；而注册税务师鉴证业务准则强调的是形式的合理性，符合征纳程序和税务会计惯例。实质的合理性，不考虑程序是否正义，而强调最终结果或目的必须符合某种标准，对于这个标准，不同国家、不同种族、不同信仰有不同的选择，如宗教、政治、道德等价值理念，都有可能成为某种实质合理性的评价标准。
比如，土地增值税清算业务的合理性，是指纳税人收入和房地产扣除项目的计算和分配方法。这里的合理性是形式合理性，而不是实质合理性。换句话说，只要纳税申报的会计核算证据，按照财务会计的程序取得，纳税调整证据按照税务会计的程序取得，对收入和房地产扣除项目的计算和分配，就具备了形式的合理性。
鉴证范围差异
涉税鉴证范围，是指鉴证对象信息的范围，或称鉴证证据的范围，包括纳税申报表和特殊纳税事项的专项鉴证两项内容，而不是对会计报表的鉴证。涉税鉴证的证据范围，包括纳税调整证据和会计核算证据两部分，鉴证的重点是纳税调整证据，而不是会计核算证据。
对纳税调整证据应执行实质性测试，凭证的合法性、余额的正确性、申报程序的合法性三个方面是主要鉴证事项。
对于会计核算证据，仅关注数字逻辑关系的正确性和会计处理方法的合规性。如果纳税人需要进行财务报表审计，应按照中国注册会计师鉴证准则的要求，另行委托注册会计师办理鉴证业务。涉税鉴证过程中，注册税务师不能越位进行财务报表审计鉴证，在报告和工作底稿当中，不要涉及财务报表审计的内容。
比如，土地增值税的清算范围有两层含义，一是指项目范围，凡从事房地产开发企业开发的商品房项目，在满足规定的土地增值税清算条件时，均应办理土地增值税的清算手续，包括未列入土地增值税预征范围的房地产开发项目，还包括清算后的尾房再清算。二是指鉴证对象信息的范围，或称鉴证证据的范围，土地增值税清算证据的鉴证范围，重点是纳税调整证据，会计核算证据主要是作为数据来源，而不是重点。