国家税务总局《关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函[2009]255号）规定，列入企业所得税优惠管理的各类企业所得税优惠包括免税收入、定期减免税、优惠税率、加计扣除、抵扣应纳税所得额、加速折旧、减计收入、税额抵免和其他专项优惠政策。除国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新的《企业所得税法》第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠政策，均实行备案管理。按照此项规定，加计扣除就属于列入企业所得税优惠管理的项目，应实行备案管理。
文件还规定，备案管理的具体方式分为事先备案和事后报送相关资料两种。列入事先备案的税收优惠，纳税人应向税务机关报送相关资料，提请备案，经税务机关登记备案后执行。对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠；经税务机关审核不符合税收优惠条件的，税务机关应书面通知纳税人不得享受税收优惠。
所以，研发费用加计扣除作为税收优惠，只能在当年年度申报时备案享受，年度汇算清缴期过后则不能再做加计扣除。
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