问：总分机构在不同地区预缴时按不同税率计缴，汇总纳税时依什么税率汇缴？亏损如何扣除？与预缴时的处理一样吗？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发[2008]28号）第十六条规定：“总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。”。因此，年终所得税汇算清缴时和预缴时都应依据此条进行税务处理。
根据《企业所得税法》第十八条规定： 企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。所以，企业当年发生的亏损将在不超过五年内用以后年度的所得弥补。
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