财政部、国家税务总局《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。超过的部分不予扣除。本文根据《企业会计准则》及有关税收规定，就补充养老保险费及补充医疗保险费的会计处理分析如下：
企业会计准则有关规定
职工薪酬会计准则规定，补充养老保险费、补充医疗保险费属职工薪酬范畴。企业应当在职工为其提供服务的会计期间，将应付的职工薪酬确认为负债，除因解除与职工劳动关系给予补偿外，应当根据职工提供服务的受益对象分别进行处理。在“应付职工薪酬——社会保险费——补充养老保险费”和“应付职工薪酬——社会保险费——补充医疗保险费”科目中核算。
1.计入产品成本或劳务成本。生产产品、提供劳务中，直接生产人员和直接提供劳务人员发生的补充养老保险费、补充医疗保险费，根据存货会计准则的规定，计入存货成本，但非正常消耗的直接生产人员和直接提供劳务人员的补充养老保险费、补充医疗保险费，在发生时确认为当期损益。
2.计入固定资产或无形资产成本。根据固定资产会计准则和无形资产会计准则，如果是企业自行建造的固定资产，在建造该项固定资产达到预定可使用状态前所发生的补充养老保险费、补充医疗保险费应计入固定资产成本。企业开发阶段发生的补充养老保险费、补充医疗保险费符合资本化条件的应计入无形资产成本。
3.上述两项之外发生的其他补充养老保险费、补充医疗保险费，计入当期损益。
纳税调整及对应会计处理
根据财税〔2009〕27号文件规定，企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。超过的部分，不予扣除。
1.随工资调整而调整。企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费的扣除基础是职工工资总额，根据国家税务总局《关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）规定，企业支付给员工合理的工资、薪金可以税前扣除，如果工资、薪金不合理，则要纳税调整。同时，企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费也相应要调整。另外，属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额。超过部分不得计入企业工资、薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
例如：某盈利国有企业丙公司适用的企业所得税率为25%，未享受企业所得税优惠政策，2009年发生的工资总额为11000万元，而政府有关部门给予的限定数额为9000万元，该公司按职工工资总额的5%计提支付补充养老保险费、补充医疗保险费。为此，该公司在2009年终进行企业所得税纳税申报时，在对工资总额进行纳税调整的同时，也要对为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费进行纳税调整，调增应纳税所税额（11000－9000）×5%×25%×2＝50（万元）。
2.因支付比例而调整。如果企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费的比例超过职工工资总额的5%，则在年终对超过部分进行纳税调整。
3.2008年的处理。根据国家税务总局《关于2008年度企业所得税纳税申报有关问题的通知》（国税函〔2009〕286号）规定，对于2009年5月31日后确定的个别政策，如涉及纳税调整需要补退企业所得税款的，纳税人可以在2009年12月31日前自行到税务机关补正申报，不加收滞纳金和追究法律责任。企业为此应进行自查，及时进行调整和补正申报。
例如：甲公司2008年发生的合理工资总额为20000万元，企业为员工支付的补充养老保险费为职工工资总额的6%，企业在年终对超过4%的比例进行了纳税调增。2009年7月，根据财税〔2009〕27号文件规定，可税前扣除的比例为职工工资总额的5%，企业及时对2008年补充养老保险调整事项进行补正申报，调减应纳所得税额20000×（5%－4%）×25%＝50（万元），调整企业按净利润10%计提的盈余公积50×10%＝5（万元）。
借：应交税费——应交企业所得税 500000
贷：利润分配——未分配利润 500000。
借：利润分配——未分配利润50000
贷：盈余公积50000。