某市国税局在对辖区某企业进行纳税辅导时，财务人员向税务人员提出两个问题。第一个问题是该企业有部分货物的进项税额因超过规定期限没能及时抵扣，财务处理计入了购入货物的成本，有人说增值税是价外税，没按期抵扣是纳税人自愿放弃了抵扣权利，不能计入成本，那么在年度所得税申报时需不需要调整？第二个问题是企业收到了客户退回的货物与增值税专用发票，但增值税专用发票开具已超过180天，而客户在180天内并未认证抵扣，由于未及时认证也就无法开具红字专用发票，形成了多缴税款，这些多缴的税款在申报所得税该如何处理，能不能被视为损失？无法用红字冲减的发票属不属于虚开发票？
不能抵扣的进项税可计入货物成本
部分货物因超过规定期限没能及时抵扣的进项税额，可以计入货物成本，在企业所得税申报时不用进行纳税调整。《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《企业所得税法实施条例》规定，《企业所得税法》第八条所称有关的支出，是指与取得收入直接相关的支出。合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。成本，是指企业在生产经营活动中发生的销售成本、销货成本、业务支出以及其他耗费。税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。不得抵扣的进项税虽然没有进行抵扣，但是属于企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，另外，还属于“允许抵扣的增值税”以外的不能抵扣的增值税税金，是企业在生产经营过程是发生的税金支出，应该同购入的材料一同记入成本，在结转收入时同比结转成本并在企业所得税前进行扣除。
未及时认证的专用发票不能开具红字发票
根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）和《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]018号）规定，超过90天认证期限未认证的增值税专用发票无法取得《开具红字增值税专用发票通知单》，《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）又将发票认证期限从2010年1月1日起调整为180天。《增值税暂行条例实施细则》规定，一般纳税人销售货物或者应税劳务，开具增值税专用发票后，发生销售货物退回或者折让、开票有误等情形，应按国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。未按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。所以，该企业开具已超过180天认证期的专用发票的也就无法开具红字增值税专用发票，增值税额也就不得从销项税额中扣减。
无法用红字冲销的发票不是虚开的发票
国家税务总局转发《最高人民法院关于适用〈全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定〉的若干问题的解释》的通知（国税发[1996]第210号）规定，具有下列行为之一的，属于“虚开增值税专用发票”：（一）没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票；（二）有货物购销或者提供或接受了应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实的增值税专用发票；（三）进行了实际经营活动，但让他人为自己代开增值税专用发票。企业取得的购货方退回的无法用红字发票冲销的发票，没有交由对方抵扣，仍保留在开票方，形成的原因是违犯了增值税专用发票管理的相关规定，不符合“虚开增值税专用发票”行为的特征，不是虚开增值税专用发票行为。
不能从销项税额中冲减的增值税额不是资产损失
有观点认为，由于购货方未及时到税务机关认证，导致退货时无法开具红字增值税专用发票，此笔多缴税款造成的损失应由购货方负担，视为向购货方的损失索赔类的应收项目，如果确实收不回时，应当作为应收款项的损失在企业所得税申报时扣除。但是，这只是购货方未及时到税务机关认证的责任，如果责任在销货的开票方，则无法向对方索赔，形成销货方企业的多缴税款。从法理上讲，税款不存在索赔的可能，税款是企业对国家的义务，不是企业的损失，不能因为多负担税款而向对方索赔。
《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）第四条规定，企业除贷款类债权外的应收、预付账款符合下列条件之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的应收、预付款项，可以作为坏账损失在计算应纳税所得额时扣除：（一）债务人依法宣告破产、关闭、解散、被撤销，或者被依法注销、吊销营业执照，其清算财产不足清偿的；（二）债务人死亡，或者依法被宣告失踪、死亡，其财产或者遗产不足清偿的；（三）债务人逾期3年以上未清偿，且有确凿证据证明已无力清偿债务的；（四）与债务人达成债务重组协议或法院批准破产重整计划后，无法追偿的；（五）因自然灾害、战争等不可抗力导致无法收回的；（六）国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。不能从销项税额中冲减的增值税额不属于此类损失中的前五项，国务院财政、税务主管部门也没有明文规定，所以，此笔多缴税款如果对方不负担，不能作为资产损失扣除。