随着经济的快速发展和现代科学技术的进步，物流产业作为国民经济中一个新兴的服务部门，正在迅速发展。物流产业是一个跨行业、跨部门的综合新兴产业，物流业主要包括交通运输业、仓储业、邮政业以及批发零售中包装、流通加工、配送等。本文就物流业中涉及的主要营业税政策归纳分析如下：
一、物流业主要涉及的营业税税目税率
1.交通运输业，税率3%.征收范围包括：陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输、装卸搬运。凡与运营业务有关的各项劳务活动。均属本税目的征税范围。需要注意的是：打捞，比照水路运输征税；通用航空业务、航空地面服务业务，比照航空运输征税。此外，与运营业务有关的理货以及港务局提供的引航、系解缆、停泊、移泊等劳务及引水员交通费、过闸费、货物港务费，都属于交通运输业征税范围。
2.邮电通信业，税率3%.本税目的征收范围包括：邮政、电信。单位和个人从事快递业务按“邮电通信业”税目征收营业税。
3.服务业，税率5%.本税目的征收范围包括：代理业、旅店业、饮食业、旅游业、仓储业、租赁业、广告业、其他服务业。
4.转让无形资产，税率5%.本税目的征收范围包括：转让土地使用权、转让商标权、转让专利权、转让非专利技术、转让著作权、转让商誉。
5.销售不动产，税率5%.本税目的征收范围包括：销售建筑物或构筑物、销售其他土地附着物。
二、从事联运业务、代理业务和仓储业务按差额纳税
联运业务，是指两个以上运输企业完成旅客或货物从发送地点至到达地点所进行的运输业务。联运业务以其实际取得的收入为营业额，即指运输企业开展联运业务时，以收到的收入扣除支付给以后的承运者的运费、装卸费、换装费等费用后的余额。《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》（国税发[2007]101号）规定，公路、内河联合货物运输业务，是指其一项货物运输业务由两个或两个以上的运输单位（或个人）共同完成的货物运输业务。运输单位（或个人）应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位（或个人）以向运输单位（或个人）收取的全部价款向该运输单位（或个人）开具货运发票，运输单位（或个人）应以合作运输单位（或个人）向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
对于物流行业的代理业，主要有航空包机业务、无船承运业务和报关代理以及其他代理。包机业务，是指航空运输企业与包机公司签订协议，由航空运输企业负责运送旅客或货物，包机公司负责向旅客或货主收取运营收入，并向航空运输企业支付固定包机费用的业务。国税发[2000]139号规定，对航空运输企业从事包机业务向包机公司收取的包机费，按“交通运输业”税目征收营业税；对包机公司向旅客或货主收取的运营收入，应按“服务业——代理”项目征收营业税，其营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。
无船承运业务是指无船承运业务经营者以承运人身份接受托运人的货载，签发自己的提单或其他运输单证，向托运人收取运费，通过国际船舶运输经营者完成国际海上货物运输，承担承运人责任的国际海上运输经营活动。国税函[2006]1312号规定，无船承运业务应按照“服务业——代理业”税目征收营业税。纳税人从事无船承运业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除其支付的海运费以及报关、港杂、装卸费用后的余额为计税营业额申报缴纳营业税。纳税人从事无船承运业务，应按照其从事无船承运业务取得的全部价款和价外费用向委托人开具发票，同时应凭其取得的开具给本纳税人的发票或其它合法有效凭证作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
对试点物流企业开展物流业务营业税征税问题，国税发[2005]208号规定，试点企业将承揽的运输业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他运输企业的运费后的余额为营业额计算征收营业税。试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。文件对营业额减除项目凭证管理问题提出了要求：营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
代理报关业务，是指接受进出口货物收、发货人的委托，代为办理报关相关手续的业务。《国家税务总局关于加强代理报关业务营业税征收管理有关问题的通知》（国税函[2006]1310号）规定，纳税人从事代理报关业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除以下项目金额后的余额为计税营业额申报缴纳营业税：（1）支付给海关的税金、签证费、滞报费、滞纳金、查验费、打单费、电子报关平台费、仓储费；（2）支付给检验检疫单位的三检费、熏蒸费、消毒费、电子保险平台费；（3）支付给预录入单位的预录费；（4）国家税务总局规定的其他费用。
对于从事其他物流代理业务的，可以按照《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》（国税发[1995]076号）执行，该文规定“代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬”。
三、远洋运输企业业务不同适用不同税率
针对远洋运输企业不同的业务，营业税政策规定了不同的适用税率。国税发[2002]25号规定，对远洋运输企业从事程租、期租业务和航空运输企业从事湿租业务取得的收入，按“交通运输业”税目征收营业税。程租业务，是指远洋运输企业为租船人完成某一特定航次的运输任务并收取租赁费的业务。期租业务，是指远洋运输企业将配备有操作人员的船舶承租给他人使用一定期限，承租期内听候承租方调遣，不论是否经营，均按天向承租方收取租赁费，发生的固定费用（如人员工资、维修费用等）均由船东负担的业务。湿租业务，是指航空运输企业将配备有机组人员的飞机承租给他人使用一定期限，承租期内听候承租方调遣，不论是否经营，均按一定标准向承租方收取租赁费，发生的固定费用（如人员工资、维修费用等）均由承租方负担的业务。
文件规定，对远洋运输企业从事光租业务和航空运输企业从事干租业务取得的收入，按“服务业”税目中的“租赁业”项目征收营业税。光租业务，是指远洋运输企业将船舶在约定的时间内出租给他人使用，不配备操作人员，不承担运输过程中发生的各种费用，只收取固定租赁费的业务。干租业务，是指航空运输企业将飞机在约定的时间内出租给他人使用，不配备机组人员，不承担运输过程中发生的各种费用，只收取固定租赁费的业务。
四、自开票纳税人与代开票纳税人征税不同
对从事货物运输业务的单位和个人，根据开具货物运输业发票的不同分为自开票纳税人和代开票纳税人。国税发[2003]121号第三条规定，提供货物运输劳务的单位同时符合下列条件的，可向其主管地方税务局申请认定为自开票纳税人：（1）具有工商行政管理部门核发的营业执照，地方税务局核发的税务登记证，交通管理部门核发的道路运输经营许可证、水路运输许可证；（2）年提供货物运输劳务金额在20万元以上（新办企业除外）；（3）具有固定的经营场所。如是租用办公场所，则承租期必须1年以上；（4）在银行开设结算账户；（5）具有自备运输工具，并提供货物运输劳务；（6）账簿设置齐全，能按发票管理办法规定妥善保管、使用发票及其他单证等资料，能按税务机关和财务会计制度的要求正确核算营业收入、营业成本、税金和营业利润，并能按规定向税务机关进行纳税申报和缴纳各项税款。而对不符合上述规定条件的以及从事货物运输的承包人、承租人、挂靠人和个体运输户不得认定为自开票纳税人。
对自开票纳税人除了可以自己领购发票并自行按照规定开具发票外，对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。除自开票纳税人外，其他的为代开票纳税人，其从事货物运输业务需要开具发票的，必须由税务机关或经税务机关批准的机构代开，同时代征税款。代开票纳税人从事联运业务取得的收入，应就全部收入纳税，不得减除分出合作方运费计税。
五、物流单位收取的承包费需要纳税
目前，不少小单位和个人挂靠在一些规模较大的物流单位从事经营活动，或者承租承包物流单位的运输工具或其他资产从事物流业务活动，物流单位在加强管理的同时需要收取部分管理费用。对管理费用征收营业税问题，财税[2003]16号作了明确规定：双方签订承包、租赁合同（协议，下同），将企业或企业部分资产出包、租赁，出包、出租者向承包、承租方收取的承包费、租赁费（承租费，下同）按“服务业”税目征收营业税。出包方收取的承包费凡同时符合以下三个条件的，属于企业内部分配行为不征收营业税：（1）承包方以出包方名义对外经营，由出包方承担相关的法律责任；（2）承包方的经营收支全部纳入出包方的财务会计核算；（3）出包方与承包方的利益分配是以出包方的利润为基础。