在具体实务中，房地产企业通常容易将房地产开发费用与房地产开发间接费用相互混淆，从而带来税收上的风险。
一、房地产开发间接费用的组成
房地产企业开发的商品房属于存货范畴，并且房地产企业开发商品房要达到预定可使用或者可销售状态，一般都要经过一年以上时间，所以，对房地产开发企业为开发商品房而发生的借款费用一般应当予以资本化。根据相关性原则，对于多个成本核算对象发生的借款费用，还应当按照一定的标准在不同成本核算对象中进行分摊。
原有会计制度中，对于企业为生产存货而发生的借款费用，不论该货物生产时间是否超过一年以上，借款费用均计入“财务费用”科目。而《土地增值税暂行条例》的出台也是以原有会计制度为背景，这从该《条例》中有关“财务费用科目中的利息支出”的表述中就可以看出。“财务费用”科目正是依据当初会计制度应当计入的会计科目（现行会计制度所发生的借款费用是计入“开发成本”或“开发间接费用”科目）。对于生产存货发生的借款费用予以资本化是后期会计政策的调整，而会计政策的调整并非意味着土地增值税政策也应当随之调整。根据土地增值税政策，除利息支出外的其他开发费用按照土地和开发成本两项之和的5%以内计算扣除。而除利息支出外的其他开发费用包括了除利息支出以外的借款费用、管理费用和销售费用。所以，在现行会计制度下，借款费用虽然应当计入房地产开发成本，但在土地增值税清算时应当进行纳税调整。
房地产企业延期还贷所支付的利息以及银行罚息虽然不属于行政性罚款，但根据《国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第八条第二款，对于超过贷款期限的利息部分以及加罚的利息不允许在土地增值税前扣除。
借款费用的企业所得税税前扣除上，在《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》列举的开发间接费用中并未提到借款费用。这是否意味着借款费用就不能计入开发间接费予以税前扣除？其实未必。首先，《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》中列举的是开发间接费用仅是主要内容，而并非穷尽了所有。其次，根据《企业所得税法实施条例》第三十七条的规定，企业在生产经营活动中发生的合理的不需要资本化的借款费用，准予扣除；企业为购置、建造固定资产、无形资产和经过12个月以上的建造才能达到预定可销售状态的存货发生借款的，在有关资产购置、建造期间发生的合理的借款费用，应当作为资本性支出计入有关资产的成本，并依照规定扣除。可见，《企业所得税法实施条例》继新企业会计准则出台之后，为了减少与会计之间的差异而吸纳了新企业会计准则对借款费用资本化的规定。只不过企业所得税法中将会计准则中的“经过相当长时间”进行了具体细化，细化到12个月以上，以便于实务操作。另外，对房地产开发企业向非金融企业借款的利息支出，超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分，应当进行纳税调整；对于超过贷款期限的利息部分以及加罚的利息均允许在企业所得税前扣除。
二、房地产开发间接费用的分摊
如果房地产开发企业仅开发一个项目或是仅有一个成本对象，则开发间接费用属于能够直接计入成本对象的成本，可以视同建筑安装费用按照单位面积成本在完工开发产品与未完工开发产品之间进行分配。如果房地产开发企业开发多个项目或有多个成本对象，则开发间接费用就需要在完工开发对象与未完工开发对象之间进行分配。房地产开发企业应于每月终了对开发间接费用进行分配，并计入有关开发产品的成本。但对借款费用分配方法的选择上，《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》第三十条明确规定：借款费用属于不同成本对象共同负担的，只能选择按直接成本法或预算造价法进行分配。
三、房地产开发间接费用的处理
房地产开发企业在确定成本核算对象为两个以上的情况下，应当将“开发间接费用”作为一级会计科目设置。开发间接费用虽也属于直接为房地产开发而发生的成本，但由于不能清晰地归入某个成本对象，因而需要将“开发间接费用”作为过渡会计科目。即房地产开发企业发生的开发间接费用应先记入“开发间接费用”科目，然后按照适当分配标准，将它分配记入各个成本对象下的“开发成本—开发间接费用”二级科目，期末“开发间接费用”科目无余额。只有一个成本核算对象而发生的开发间接费用，则直接记入“开发成本—开发间接费用”科目。开发间接费用的总分类核算在“开发间接费用”账户进行，企业所属各内部独立核算单位发生的各项开发间接费用，都要自“应付工资”、“应付福利费”、“累计折旧”、“递延资产”、“银行存款”、“周转房——周转房摊销”等账户的贷方转入“开发间接费用”账户的借方。
举例：某房地产开发企业的内部独立核算单位在2011年5月份共发生开发间接费用41 600元，发生时的会计分录如下：
借：开发间接费用 41 600
贷：银行存款（或应付工资等） 41 600
该房地产开发企业当月各成本对象实际发生的直接成本520 000元，确定的成本对象为三个，其中：商品房A直接成本为200 000元，商品房B的直接成本为240 000元，配套设施直接成本为80 000元。假设间接费用采取直接成本法分摊，由此计算5月份各成本对象应分配的开发间接费：
商品房A：41 600×200 000÷520 000＝16 000（元）；
商品房B：41 600×240 000÷520 000＝19 200（元）；
配套设施：41 600×80 000÷520 000＝6 400（元）。
具体会计分录如下：
借：开发成本——房屋开发成本A 16 000
开发成本——房屋开发成本B 19 200
开发成本——配套设施开发成本 6 400
贷：开发间接费用 41 600