企业发生的职工福利费，应该单独设置账册，进行准确核算。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定。
根据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（财企[2009]242号）的规定，税法和会计对职工福利费支出的差异分析：
1.“职工福利费”财税处理的相同点
财企[2009]242号文作为加强和明确职工福利费的财务管理规范性文件，较国税函[2009]3号文规范的职工福利费税前扣除规定，在内容、范围上更加具体、明确和全面，相同之处主要表现在下列项目的财税处理均属于“职工福利费”的范畴，具体有：
（1）企业内设集体福利部门及其支出。内设福利部门包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等部门；支出内容包括集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等人工费用。
（2）为职工卫生保健、生活等所发放的各项补贴和非货币性福利。
包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴等。
企业为职工发放的节日补助、未统一供餐而按月发放的每人有份的午餐费补贴，按财务与税法规定均应当纳入工资总额管理，不属于职工福利费的核算范畴。
（3）未实行货币化改革的企业为职工提供的交通待遇（如职工班车），其相关支出的财税处理均作为职工福利费管理。
（4）按规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、职工异地安家费、探亲假路费、独生子女费等。
（5）以本企业产品和服务作为职工福利的财税处理的统一。财企[2009]242号规定：对以本企业产品和服务作为职工福利的，企业要严格控制。国家出资的电信、电力、交通、热力、供水、燃气等企业，将本企业产品和服务作为职工福利的，应当按商业化原则实行公平交易，不得直接供职工及其亲属免费或者低价使用。《企业会计准则第9号——职工薪酬》应用指南“关于职工薪酬的确认与计量”规定：企业以其自产产品作为非货币性福利发放给职工的，应当根据受益对象，按照产品的公允价值，计入相关资产成本或当期损益，同时确认应付职工薪酬。可见，财务上应按产品或服务的“公允价值”作销售处理。《企业所得税法实施条例》第二十五条规定，企业将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。由此，税务处理上也应作“视同销售”处理。
（6）财务规定强调应当由个人承担的有关支出，企业不得作为职工福利费开支。《企业财务通则》第四十六条规定企业不得承担属于个人的下列支出：娱乐、健身、旅游、招待、购物、馈赠等支出；购买商业保险、证券、股权、收藏品等支出；个人行为导致的罚款、赔偿等支出；购买住房、支付物业管理费等支出；应由个人承担的其他支出。
由个人承担的支出税法当然不允许税前扣除的。
2.职工福利费财税处理差异分析
财企[2009]242号规范的企业职工福利费有关财务规定（以下简称“财务规定”），较国税函[2009]3号文规范的税前扣除政策（以下简称“税法规定”）在内容、范围上的差异主要表现在：
（1）企业内设集体福利部门的差异。企业尚未分离的内设集体福利部门，财务规定明确将“职工集体宿舍”作为集体福利部门；而税法规定则不包括。
税法虽未提及“职工集体宿舍”但我认为可作为国税函[2009]3号第三条第二款的“为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利”，作为职工福利费支出。
（2）离退休人员统筹外费用，财务规定明确在职工福利费中核算。企业重组涉及的离退休人员统筹外费用，按照《财政部关于企业重组有关职工安置费用财务管理问题的通知》（财企[2009]117号）规定应从重组企业净资产中预提；而税法规定的福利费不包括离退休人员统筹外费用，重组企业发生的相关费用应从重组清算所得中“据实”扣除。
（3）企业为职工提供的交通、住房、通讯待遇的差异。财务规定：已实行货币化改革，按月按标准发放或支付的住房补贴、交通补贴或者车改补贴、通讯补贴，应当纳入职工工资总额，不再纳入职工福利费管理；尚未实行货币化改革的，企业发生的相关支出作为职工福利费管理，但根据国家有关企业住房制度改革政策的统一规定，不得再为职工购建住房。而税法规定将通讯补贴排除在职工福利费范围之外，并且不区分是否实行货币化改革，将企业为职工住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，作为职工福利费处理。
财企[2009]242号文件还规定在计算应纳税所得额时，企业职工福利费财务管理同税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算纳税。
很明显，《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》与《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》相比，福利费的列支范围缩小了很多，而且前者对福利费的列支范围采取了列举的办法，但到底是属于全部列举还是部分列举，并不明确（税法尚有很多不明确的地方，如职工疗养费、独生子女费，财务管理列为职工福利费，税法没有提及）。建议，税法对职工福利费的列支范围须进一步明确，这样企业和中介代理人员才能更好地进行纳税调整，做好企业所得税汇算。
上述对职工工资和福利费的规定在会计处理和税务处理上存在差异。由于这种差异，实践中造成企业在进行企业所得税汇算清缴时，要将一部分补贴从工资中调整到福利费中，这不但造成了很多企业福利费超标，而且还加大了汇算清缴的工作量。