国税函[2009]698号文件在第四条对非居民企业转让股权所得的确认虽有较详细的规定，但读起来却不易懂，笔者试分析认为非居民企业股权转让按其股权出资情况不同，其股权转让所得的计算将会有3种情况：
1.境外投资者如一次性投入或购买股权的，其股权转让所得计算应以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。
【案例】某英属维尔京群岛（下称“BVI”）投资者A公司，2007年度投入中国居民企业B公司美元现汇500万美元，投入当时美元对人民币汇率为1：7.8087，B公司计算实收资本人民币金额为3904.35万元。2009年12月BVI投资者A公司将100%股权转让给香港投资者C公司，其转让价款为港币5000万港元，当日美元对人民币的汇率为1：6.8287，港币对人民币的汇率为1：0.8805。
则BVI投资者A公司股权转让所得计算过程如下：由于我国官方只公布人民币对美元和港币的兑换价，需要折算出美元对港币的汇率折算是6.8287/0.8805≈7.7555。虽然该股权转让的交易货币是港币，但必须重新按照美元计算出股权转让价=港币5000万/7.7555=644.7万美元。股权转让所得=股权转让价-股权转让成本=644.7万美元-500万美元=144.7万美元。该股权转让应纳企业所得税=144.7万美元×10%×6.8287=98.81万人民币。
2.如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价。
【案例】某BVI投资者A公司，2007年1月投入中国居民企业B公司美元现汇200万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.8087。5月投入B公司现汇50万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.7055；2007年10月投入现汇250万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.5108。公司经审验后注册资本折合人民币金额为3，824.715万元（200×7.8087+50×7.7055×250×7.5108）。2009年12月BVI投资者A公司将100%股权转让给香港投资者C公司，其转让价款为港币5000万元，当时美元对人民币的汇率为1：6.8287，港币对人民币的汇率为1：0.8805。
则BVI投资者A公司有关股权转让所得计算如下：由于首次投入资本时的币种为美元，则股权转让价和股权成本价均以美元计算。经过计算，美元对港币的汇率折算为6.8287/0.8805≈7.7555。股权转让价5000万港币依据7.7555的汇率折算为644.7万美元。股权转让成本第一次是200万美元、第二次是50万美元、第三次是250万美元，合计为500万美元。股权转让所得=644.7万美元-500万美元=144.7万美元。该股权转让应纳所得税=144.7万美元×10%×6.8287=98.81万元人民币。
3.多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
【案例】BVI投资者A公司于2007年1月投入中国居民企业B公司美元现汇200万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.8087。5月投入B公司欧元现汇50万欧元，投入当期欧元对人民币汇率为1：10.4999；2007年10月投入港币现汇250万元，投入当期港币对人民币汇率为1：0.9683。该公司经审验后的注册资本折合人民币金额是200×7.8087+50×10.4999×250×0.9683，即2328.81万元。2009年12月BVI投资者A公司将转让给境内投资者C，其转让价款为人民币5000万元，当时美元对人民币的汇率为1：6.285。
由于首次投入资本时的币种为美元，则股权转让价和股权成本价以美元计算，境外投资者A公司股权转让所得计算如下：首先考虑将不同期间的欧元、港币外汇折算为美元的汇率：2007年5月欧元兑美元汇率=770.55/1049.99≈0.7339。2007年10月美元兑港币汇率=751.08/96.83≈7.7567。由于2009年12月美元兑人民币汇率=6.8285，计算股权转让价=5000万人民币/6.8285=732.23万美元。
股权转让成本：第一次为200万美元、第二次为50万欧元/0.7339=68.13万美元、第三次为250万欧元/7.7567=32.23美元，合计为300.36万美元。股权转让所得=732.23万美元-300.36万美元=431.87万美元。股权转让应纳所得税=431.87万美元×10%×6.8285=294.90万元人民币。