按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，企业研发费用享受加计扣除的税收优惠，需经过项目确认、项目登记和加计扣除3个环节。项目确认由市或直辖市科技局或经信委进行审核，方可发放《企业研究开发项目确认书》；项目登记时，由企业持《企业研究开发项目确认书》向主管税务机关提出申请，税务机关对项目进行认证后出具《企业研究开发项目登记信息告知书》；企业依据告知书，每年计算加计扣除金额。
在加计扣除项目中，通常要说明资金来源，对于获得政府拨款的研发项目，在申报研发费用加计扣除和企业所得税汇算清缴时，需注意以下问题。
企业会计准则对研发费用中财政拨款的处理
《企业会计准则第16号——政府补助》（以下简称准则）规定，政府补助分为与资产相关的政府补助和与收益相关的政府补助。与资产相关的政府补助，是指企业取得的、用于购建或以其他方式形成长期资产的政府补助。此类政府补助，不能直接确认为当期收益，而应当确认为递延收益，即自相关资产可供使用时起，在使用寿命内平均分配，分次计入以后各期的损益（营业外收入）。相关资产在使用寿命结束前被出售、转让、报废或发生毁损的，应将尚未分配的递延收益余额一次性转入资产处置当期的损益（营业外收入）。与收益相关的政府补助，是指除与资产相关的政府补助之外的各项补助。其中对用于补偿企业以后期间的相关费用或损失的，取得时确认为递延收益，并按相关费用发生期间计入当期损益（营业外收入）；对用于补偿企业已发生的相关费用或损失的，取得时直接计入当期损益（营业外收入）。
由于企业申请获得的研发项目财政拨款，一般不是用于购建或以其他方式形成长期资产，加之研发项目本身具有一定的投资风险，不具备确认为资产的条件，因此大多属于与收益有关的政府补助。在会计处理上，补偿以前发生的研发费用时，借记“银行存款”，贷记“营业外收入”。收到财政拨款时，借记“银行存款”，贷记“递延收益”。发生相应研发支出时，借记“开发支出”，贷记“银行存款”，同时分期确认收益，借记“递延收益”，贷记“营业外收入”。
开发项目取得的财政拨款在研发费用加计扣除中的处理
《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发[2008]116号）附件《研发项目可加计扣除研究开发费用归集表》中明确规定，从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款应予以剔除，不得计入加计扣除额。这是因为财政拨款和母公司拨款属于不征税收入，其用于支出形成的费用当然也不能在计算应纳税额时扣除。至于如何确定在当年发生的研发费用中有多少金额是由财政拨款支付的，取决于企业对该项资金的取得与发生的支出是否单独核算。如果不单独核算，则应将当年度收到的财政拨款全额剔除；如果单独核算，则可在研发费用总额中剔除属于当年用财政拨款支付的金额，而后计算加计扣除金额。
开发项目取得的财政拨款在企业所得税汇算清缴中的处理
企业研究开发项目取得的财政拨款，不论在会计上如何处理，均应根据具体情况确认收入。税前扣除的确认应遵循企业所得税法规定的原则。《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税[2011]70号）规定，自2011年1月1日起，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：（一）企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；（二）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；（三）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。也就是说，企业研发项目取得的上述财政拨款可不确认收入。同时，上述不征税收入用于支出所形成的费用，也不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，计提的折旧、摊销也不得在计算应纳税所得额时扣除。需要关注的是，企业将上述研发项目取得的财政拨款作不征税收入处理后，如在5年（60个月）内未发生支出又未缴回财政或有关拨付资金的主管部门的部分，需重新计入取得该资金第六年的收入总额。重新计入收入总额的财政性资金发生的支出，允许在发生年度计算应纳税所得额时扣除。